お世話になります。Ubuntu 9.10でFTPのクライアントとして使用していろいろ作業しております。
「場所」→「サーバーへ接続」からレンタルサーバーに接続していろいろとファイル操作をしておりますが、最近ちょっと不安定になってきました。もしかしたらレンタルサーバーの不安定さも絡んでいるのかもわかりませんが、相談にのってください。

　Ubuntuの「サーバーへ接続」からFTPで接続するといちいちファイルをアップダウンロードしないで作業できるので非常に重宝しているのですが、ファイルを保存する最に上書き保存ではなく、追加保存になってしまいます。サーバーに接続してしばらくは上書き保存されますが、（どのタイミングかちょっとわからないのですが…）しばらくすると追加保存になってしまいます。
　追加された部分を削除してから保存しても永久に追加保存されてしまいます。1000行ぐらいのファイルを修正や変更をして3回ほど保存すると知らぬ間に3000行ぐらいになっているという感じです。
FireFTPなどの他のソフトでは問題がないので、たぶんUbuntu側の問題だとは思うのですが…。

　どなたかこれらの不安定な動作の原因がわかる方がいらっしゃるでしょうか？