zaganさん回答していただきありがとうございます！
ipodのほうで初期化してみましたが状況は変わりませんでした・・・
みなさん、他に試してみたらいい方法があったらぜひ教えてください！
お願いします。

zaganさん回答ありがとうございます、
はい、
Rhythmbox は、初期化されていないかもしくは壊れている iPod と思われるデバイスを検出しました。
Rhythmbox でこのデバイスを利用するためには初期化する必要がありますが、
その際にデバイスに現在保存されているすべての楽曲データが破棄されます。
Rhythmbox で iPod を初期化する場合は以下の情報を入力して下さい。
このデバイスが iPod でないか、初期化しない場合はキャンセル・ボタンを押して下さい。
というエラーが出ます。

ubuntuでは認識されて中のファイルやフォルダもちゃんと認識しているようです。

windowsはVMware Playerをで動かしているのですが、
iTunesに接続すると

ipodが検出されましたが、正しく識別できませんでした。
ipodを取り外して再接続してからもう1度やり直してください。
問題が解決しない場合はiTunesをアンインストールしてからもう1度インストールしてください。

というエラーが出ます。
一応エラー文にあった解決方法をどちらもやってみましたが、やはり変わりません。
なにかいい解決方法があったらぜひ教えてください。
お願いします。

そうでしたか。
今日はちょっとできないんですが、
明日はできるので明日試してみます！

とりあえずは良かったですね。
問題は、現在のUbuntuマシンでどうなるかなんです。

他のPC（WindowsのiTunes搭載）で初期化するとOKで、それ以降UbuntuでもOKということであれば、フォーマットが適切に行われてめでたしめでたしなんですが、Ubuntuマシン側ではやはり楽曲の転送とか再生が上手く行かないということであれば、幾つか考えなければならないことがあります。

1) UbuntuマシンのUSBのハード的環境、特に結線関連に問題を抱えていないか。
　　　　これは内部の問題です。マザーボードからフロントI/Oパネルのコネクタまでのケーブルが微妙にショートしてたりすると、
　　　　同様な現象が発生します。
　　　　切り分け方法としては、PC背面のUSBポートを使用して動作検証を行うと言う手があります。昨日書いておけばよかったですね。

2) Rythmboxの問題かどうか。
　　　　Bansheeなど他のプレイヤーを試してみる。

3) Ubuntu側のUSB認識に問題を抱えていないか。
　　　　１）2)を実行しても同じ結果になるようならば、OSがもってるドライバ周りの問題？

難しい技術的切り分けをしないでも、上記３っのポイントであらかた切り分けができると思います。