これは、自分で少し調べたので書きます。自分がどういう環境を構築するかにかかっている。例えばftpを行いのであれば、chrootを使う。ただwwwとdnsだけならルータのfirewallで十分みたいです。

AppAmorについてはDNS設定のところでerrorの報告があり修正している報告がありました。これはやってみないとわからない。ハマったと言う人が多い。chrootを使うなら切って設定するのが楽みたい。これはこれからやってみて、何かあれば、ここにmemoしておきます。

tripwireとsnortはinstallは簡単でも、その後の運用は結構難しい。

もう一つ、最小限の設定で内向きDNSを使う方法を紹介している記事がありました。
http://d.hatena.ne.jp/adsaria/20090131/1233383628