確かにそうですね、
＞　スタートアップディスクの作成では書き込めないことに気づき、、、

エラーが出て作成できないのか、作業は完了するが起動できない物が出来上がるのか、それ以外の状況なのか、、、

＃２の方法でもダメな場合はディレクトリの構成やファイルの名前が一般的では無い可能性があります。
仕組み事態は凄く単純なので、どうしても上手く行かない場合はISOファイルの中に有る「isolinux」フォルダの「isolinux.cfg」の内容を教えて下さい。

通常はsyslinuxをインストールして「isolinux」をリネームすることで大丈夫ですが、それではダメな何かが有るのでしょう。
＞　ISOファイルの中に有る「isolinux」フォルダの「isolinux.cfg」

無いかも知れませんね。デフォルトで認識する名称自体が違う名前に置き換えられているのかも。

2年ほど前からlinuxディストリビューションに手を出し始めました。
knoppix、ubuntu、puppyの三つですが、この共通点は、USBメモリーにCDイメージを書き込めて、且つ設定を保存できる、と言うところでしょうか。
USBメモリーにCDイメージを書き込む(かつそれでブートできる)方法は、当初はhir0さんの言うように、
＞　通常はsyslinuxをインストールして「isolinux」をリネームすることで大丈夫ですが、
(その他に、インストール先にフラグ「boot」を設定)
で可能でした。その他に、更新では「syslinux.cfg」「USBFLASH」以外を置き換えてからsyslinuxをインストールでもよかったのですが、最近ではそれができなくなっています…起動初期にエラー表示で、起動ができません(なお、knoppix601はこれでできます)。
なので、現在(最近)では、Ubuntuでは「スタートアップディスクの作成」、puppyでは「ユニバーサルインストーラー」で作成しており、そのためにCD/DVDを作成しなければならない状況です。

kei1224さんのご質問が、「Windowsを使わずに」ということであれば、isoファイルのダウンロードやCD/DVDを焼くことまではできるので、後はそれ自身がUSBメモリーインストールの機能を同梱しているか否か、によると思います。