このトピックも出だしはそうではないのですが、すぐにofftopicに移りそうですね。
やはり、このての質問は”よろず相談”のyahooとかGooのほうが良いのではないでしょうか。

rhythm 様へ．

「Linux = コマンド操作」と考えられる方が多いようですが，
CUI で操作することで作業が GUI より遠回りになることがあります．
逆に GUI よりも CUI だと早く作業できることがあります．

要は使い分けだと私は思っています．

前の funatogawa 様や shermansweet 様のやり方は
コマンドを覚えていくための方法です．
その前に，自分のしたい作業において，CUI で作業することにより
操作が楽になるか考えたほうが良いと思います．

もし，CUI で作業の効率化が図れるのであれば，
コマンドを覚え，実行し，さらっと作業が完了するので，
コマンドを覚えることが楽しくなると思います．
場合によっては，もっと効率化したいと思い，
よりコマンドをうまく使う方法を覚えようと勉強すると思います．

逆に，GUI で簡単に済むことを CUI でうだうだやっていると，
嫌気が差して，以前に増して CUI がトラウマのように嫌になるかもしれません．

少し，このトピックの趣旨とは異なる気がしますが，
勉強をするには頭ごなしにやるよりも，長所短所に一致したモチベーションも必要と思いまして，返信しました．

rhythm 様へ．

1冊の書籍に全てのコマンドが載っているということはまずありません．
(全ユーザがコマンド全てを必要とするとは限らないからです)

必要に応じて，複数の本を読んだり，インターネットで調べたり，講習会等があればそこで覚えます．
使い方やオプションがわからなければ，man コマンドを使って調べることもあります．

ご回答誠にありがとうございます。
ただ皆さんは書籍に掲載されていないコマンドなどをご存知ですね。
それが本当に不思議です。
どんな方法で覚えたか、どうぞ教えてください。
どうぞ宜しくお願い致します。

知らないコマンドを探すと途方もなく気が遠くなるし、何を探すのか自体も有耶無耶になるのでは、、、

初めから用意されている基本的なコマンドやスタンダードなツールはコマンドリファレンスに載っています。
＃４に書かれている様に　cd ls rm cp ln mkdir cat etc...   


書籍に載っていないコマンドの多くはツールに特化したコマンドでは無いでしょうか？
grub-install や alien を例に取ると、grubは標準のブートローダーですのでGRUBについて知りたければmanを見ます、で端折って終わります。

ではalienって何だろうと何の切っ掛けもなくイキなり調べる人は居ないと思います。
「Ubuntuで使われているパッケージファイルの.deb は無いが.rpmと言うファイルは存在する」
どうしても、そのファイルが必用で何か手が無いかと探せば[deb←→rpm]変換コマンドに行き着くはずです。

grubやalien等、全てのツールのコマンドを網羅している書籍やサイトからの情報では無くて、自分が欲すると自然に行き着きます。
その過程で、別の情報も諸々目に止まります。

全てをでは無く、必用とする事、その労力に時間を惜しまない程度で没頭できれば「聞く、探す、読む」で私はコマンドを使用していますよ。
（なので、確か便利なのが有ったな、と本やメモを引っ張り出すことも多く暗記しているのは少ないですね、補完機能も便利だし）

自分の場合(も)、コマンドを積極的に覚えようと思ったことはありません。「このような操作をしたい」と思ったときに、このフォーラムやGoogleで検索し、丁度見つかった操作が端末のコマンドを使うものであれば、それを覚えるようにしています。

例えば何かの試験を受けたり、サーバーやシステムの管理をするのであれば、書籍やインターネットでもっと積極的に覚える必要があると思いますが、普段デスクトップパソコンを使う上でコマンドを多く使うことは少ないと思うので、必要になったときにその操作方法を調べ、ついでにそのコマンドや周辺に書かれているコマンドも覚えておく、くらいでいいのではないでしょうか。