Ubuntuを含めマルチタスクOSは、裏でたくさんのプログラムが動作しています。
待機中から実行中のプロセスを全て見たいなら、次のコマンドで確認できます。
~$ man ps
　これでこのpsコマンドの説明がでます。

導入されているプロセスを調べるとき、
~$ ps aux
　ものすごい量のプロセスが表示されます。
また、実行中のみのプロセスは、次でみれます。
~$ ps r

端末を閉じるとき、実行中のプロセスがある場合、親切にこれを止めていいか聞いてくるのです。
大抵の場合、終了しても問題ないと思います。終了操作をOSにまかせればいいです。

それに反して電源を落とすなどの強制終了は、この手順を踏まないので問題が出てくる可能性があります。

rhythm 様へ．

この件に関しては解決したようですが，コマンドで
$ jobs
と入力して何か出る場合や SSH でアクセスしている時に閉じる場合にメッセージが出ます．
その理由は koisan1949 様が示した通りです．