Wineを削除し再インストールしてみるとか、当方も他の事例ですが、再インストールすることで正常動作したことがありました。

先程Wine1.2を再インストールしてきましたが
同じ事が起こってしまいました。

作業過程
1.Synaptic パッケージ・マネージャでWine,Wine1.2,Wine1.2-geckoを削除
２.ホームフォルダの.wineの隠しフォルダを削除
3.過程1で削除したパッケージを再インストール

解決しなかたのでものは試しと
古いバージョンであるWine1.0をSynaptic パッケージ・マネージャでインストールしてみました。
そしてConfiguer Wineを起動すると普通に設定のウインドウが消えずに作業することができました。

特に最新バージョンにこだわることはないのでしばらくはこっちを使っておこうと思います。

これからも同じようなバグがあって
解決する方法やわかったことなどがありましたら
報告してくれると嬉しいです。

ありがとうございました。