9.10から10.04、10.10へとアップした場合は設定ファイルが自動的に変更されますので、大丈夫だと思います。また、継承されないものについては、リリースノートなどに書かれていますので、ソフトの再インストールになると思います。
問題はクリアーインストールの場合、設定ファイルを書き換えるのではなく、新しいものになってしまいますので、/etcや/var まで、古いものをリストアしてしまうのはやめたほうが賢明です。/homeのほうはデータや”.file”は戻してもそう大きな支障はでないと思いますが、
これも、プログラムや設定ファイルが変更になった場合は対応できませんので、完全に元に戻るかは疑問です。

私はニューリリースがあった場合は一時的にはバージョンアップでしのいでいますが、リリースが安定した段階で、それまでの設定ノートを見ながら再インストールしています。逆に言えば設定を変えるたびに記録を取っておくことが重要です。６か月に１度なので大変ですが、長い目で見ると、設定を何度も経験できる、常にクリーンインストールが基本なので不具合が出にくいなどのメリットがあります。

バージョンアップ後の報告です。
9.10から10.04へは何の問題もなくできたのですが、アップデートで最新の状態にした後、10.10へアップしたところで
不具合が生じました。
3D(compiz)がまったく動かないです。
本体にはビデオカードが入っており、(Nvidia　GForce 7800GTX)
ハードウエアドライバでPPAドライバも有効になっています。さらに起動時のubuntuロゴ、ふつうは、ubuntuと表示されるはずが、ubuntu 10.10とでて、解像度がかなり低いです。
なんか、グラフィックまわりがおかしくなってしまいました。
ほかの不具合は今のところありません。
みなさんのお力をお願いします。

１～３のどれかです。

#5の訂正。
手順２の選択可能なドライバに９６・１７３・１８０・１８５のほかに、nvidia-current-modaliases(260.19.06-0bubuntu1)がありました。現在これが、uotoraさんが言われている、ubuntu推奨ドライバーです。NVIDIAのダウンロードページからDLしても、260.19.21ですから、あまり変わらないでしょう。

hujiko による投稿:

遅くなってすみません。
funatogawa様、185,を入れました。　しかし追加ドライバに185が表示されていません。パッケージマネージャーで見たところ195も入っていました。
それも表示されていません。
あるのは96,173.推奨の3つです。
宜しくお願いします。

不思議ですね。「追加のドライバー」で一覧にでないとは？

でも、uotoraさんが書かれているように、推奨が２６０ですのでそれが一番新しいと思います。「追加のドライバー」で「推奨」にチェックを入れて、リスタートしてください。それで、２６０.19.06が使われます。

Nvidia X Server Settingは260.19.06になっておりました。最初で、推奨を選んでおりましたのでそうなのでしょう。
再起動させたり、何度かいろいろためしましたがだめでした。
Fusio iconも起動しないので、やはりアップグレード時にエラーが発生したのだと思います。
ドライバーを削除し起動をかけると、ブートロゴも最大解像度で表示されます。
3D(compiz)以外は正常ですので、もうすこし頑張ってみます。

nVidiaダウンロードページから最新版ダウンロード、インストールエラーも無く、無事インストールがすみましたが
やはり、追加ドライバに表示ありませんでした。
結果としてubuntu10.10クリーンインストールいたしまして、今お返事を書いているのですが、自分としてはエラー修正できなかったことに少しへこんでます。
みなさんいろいろありがとうございました。
9.10を一年かけてあらゆるソフト、さらにカスタマイズと、いじくり回していたものですからアップグレード中にエラーが起きたのでしょう。
基本はやはりリリースごとのクリーンインストールでしょうか。