定格で使っていないのなら、きちんと設定は戻してください。
基本的に光学ドライブの方が読み取り速度は圧倒的に遅く、何十分というレベルで起動が遅延するのは、何らかの問題が発生している可能性が高いです。Windows自身もただのシステムソフトウェアですので、「自身以外のシステムの挙動に関与することはほぼありません」から、アップデートはタイミング的に一致しているだけで、原因とは無関係と思われます。
動作としてはHDDの故障が問題である可能性が高いので、ベンダの提供するツールで確認しておくと良いかもしれません。
異常がないようなら、MEMTEST86辺りでメモり自体も正常に動作しているか確認してみてください。
Ubuntuの起動メディアにも含まれているはずですので、起動時にF6を押すと起動メニューが出るはずですので、そこからも起動できると思います。

ネットワークは外部との接続を確立する必要があり、ルータがない場合は、PPPoEの設定が必要ですし、存在する場合はそのルータとの問題の可能性もあります。
繋がったり繋がらなかったりというのは正しく動作するコンフィギュレーションのドライバを持っていないとか、ハードウェア側が怪しいなどの要因も考えられますので、システムの起動すら他のシステムでも怪しいのであれば、そちらからまともに動くように切り分けるしかないと思います。記述がないので、この辺りも何を設定し、何をしなかったのかが不明です。

書籍による添付CDは断りが無ければ基本的に「同等の物」の筈ですが、保証はありません。
気になるようでしたら双方「公式の配布イメージとの違い」を出版元に尋ねればその差異があるなら違うと言うことにはなります。
イメージを生成して比較すれば相違の有無は確認できますがそれが意味するところは不明になります。
試す気があるのなら両方試せばいいとは思いますが、結果は恐らく同じになります。

もう少し状況が飲み込めないのですが、（と、調べているうちにCrushさんやZaganさんの書き込みが入った）考え方はCrushさんと同じです。

koshigaya5 による投稿:

自作PCはＣＰＵが「Ｃｏｒｅ i7 860」、マザーボードがintel製「DP55WG」、ＯＳが「Windows7 Premium 64bit」で、今回のインストールでディスクを分けず、100％Ubuntuにしました。

LiveCDのときは普通で、HDDでは時間がかかるのはHDDに問題あり？HDDのアクセスはノーマル？
１　windows７とはHDDが別ということでしょうか、それともWindowsが入っていたHDDを使っている？。もしそうなら、HDDのチェックを。LiveCDからチェックできます。
２　DP５５のBIOSアップデートは済ましました？　CPUとの相性が問題になっています。
３　我が家の似たような自作PCは、「Core i7 860」 MB「MSI　P55-CD５３」、MEM「２G×４＝８GB」、OS「Windows７Ultimet 64」で、ログオン画面が出るまでに約３５秒です。
このマシン（Pen4　2.4GHZ、１GBのMEM）でも、PATA-HDDからUbuntu10.10が立ち上がるのにほぼ4０秒です。2分以上かかるようならどこか異常です、または壊れかけています。

とにかくハードのチェックをした方がよいと思います。