＊特定のアプリで使ったあとに問題が出る

格別にこれと特定できるタイミングは有りません。

＊パネル/デスクトップ等をカスタマイズした

背景画を好みなものに変更しているだけです。

念のため確認しておきますが、mozc はどこからインストールしてますか？
また、１０．０４からのアップグレードですか？

＞ Ubuntu10.10（Amd64）はSDD（30GB）へクリーンインストールです。
＞ Mozcはパッケージマネージャからになります。
聴き方が悪かったですね。
mozcが、標準でインストールできるものか、それとも、ppa等、別のところからインストールされたものかしりたかったのです。

＞ 今でも表示は「進入禁止」マークです。入力にはなんの支障もないのでしばらく現状のままで使用するつもりです。
とりあえずは、私の現状 .cache/ibus/bus/registry.xml の関連部分だけアップし、おしまいにします。

<component>
            <name>com.google.IBus.Mozc</name>
            <description>Mozc Component</description>
            <version>0.12.410.102-2</version>
            <license>New BSD</license>
            <author>Google Inc.</author>
            <homepage>http://code.google.com/p/mozc/</homepage>
            <exec>/usr/lib/ibus-mozc/ibus-engine-mozc --ibus</exec>
            <textdomain>ibus-mozc</textdomain>
            <observed-paths>
                <path mtime="1281735341" >/usr/share/ibus/component/mozc.xml</path>
            </observed-paths>
            <engines>
                    <engine>
                        <name>mozc-jp</name>
                        <longname>Mozc</longname>
                        <description>Mozc (Japanese Input Method)</description>
                        <language>ja</language>
                        <license></license>
                        <author></author>
                        <icon>/usr/share/ibus-mozc/product_icon.png</icon>　＜ー アイコン
                        <layout>jp</layout>
                        <hotkeys></hotkeys>
                        <rank>0</rank>
                    </engine>
            </engines>
        </component>

siさん、アドバイス感謝です。比較してみましたが期待に反し全く同一でした。

funatogawaさん

の画像があるか、あればアクセス権はどうなっているか確かめたほうが良いと思います。
私（３２ビット版：日本語セットアップヘルパーから）では、アクセス権は「644」でした。

日本語セットアップヘルパー当方には存在しないので「product_icon.png」のプロパティーからですが、
アクセス権は所有者・グループ共に「Root」になっています。

とにかく不思議です。

https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=10048
派生していましたか。
何となくmozcに限った話ではなさそうな感じがしてきましたので、情報は向こうに載せておきます。

Templerさん、情報有難うございます。

siさん、折角コマンドを教えていただきましたが、差異が余りにも多すぎて提示してもどうにもなりませんので、提示はしません。
代わりとは変ですが問題を起こしているファイルを全文提示します。太字部分一部書き換えてみましたがかなりの部分が修正
されています。前が問題有り、後ろが不具合無しになります。

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<!--
    This file was generated by ibus-daemon. Please don't modify it.
    -->
<ibus-registry>
    <observed-paths>
        <path mtime="1291857545" >/usr/share/ibus/component</path>
        <path mtime="0" >/home/uotora/.local/share/ibus/component</path>
    </observed-paths>
    <components>
        <component>
            <name>org.freedesktop.IBus.Panel</name>
            <description>Gtk Panel Component</description>
            <version>1.3.7</version>
            <license>GPL</license>
            <author>Peng Huang &lt;[email protected]&gt;</author>
            <homepage>http://code.google.com/p/ibus</homepage>
            <exec>/usr/lib/ibus/ibus-ui-gtk</exec>
            <textdomain>ibus</textdomain>
            <observed-paths>
                <path mtime="1289931702" >/usr/share/ibus/component/gtkpanel.xml</path>
            </observed-paths>
            <engines>
            </engines>
        </component>
        <component>
            <name>org.freedesktop.IBus.Anthy</name>com.google.IBus.Mozc
            <description>Anthy Component</description>Mozc
            <version>1.2.1</version>0.12.410.102-2
            <license>GPL</license>New BSD
            <author>Peng Huang &lt;[email protected]&gt;</author>Google Inc.
            <homepage>http://code.google.com/p/ibus</homepage>mozc/
            <exec>/usr/lib/ibus-anthy/ibus-engine-anthy --ibus</exec>mozc/ibus-engine-mozc
            <textdomain>ibus-anthy</textdomain>mozc
            <observed-paths>
                <path mtime="1273457399" >/usr/share/ibus/component/anthy.xml</path>/usr/share/ibus/component/mozc
            </observed-paths>
            <engines>
                    <engine>
                        <name>anthy</name>mozc-jp
                        <longname>Anthy</longname>Mozc
                        <description>Anthy Input Method</description>Mozc (Japanese Input Method)
                        <language>ja</language>
                        <license>GPL</license> 削除
                        <author>Peng Huang &lt;[email protected]&gt;</author>削除
                        <icon>/usr/share/ibus-anthy/icons/ibus-anthy.png</icon>mozc/product_icon
                        <layout>jp</layout>
                        <hotkeys></hotkeys>
                        <rank>99</rank>0
                    </engine>
            </engines>
        </component>
        <component>
            <name>org.freedesktop.IBus.Config</name>
            <description>GConf Config Component</description>
            <version>1.3.7</version>
            <license>GPL</license>
            <author>Peng Huang &lt;[email protected]&gt;</author>
            <homepage>http://code.google.com/p/ibus</homepage>
            <exec>/usr/lib/ibus/ibus-gconf</exec>
            <textdomain>ibus</textdomain>
            <observed-paths>
                <path mtime="1289931704" >/usr/share/ibus/component/gconf.xml</path>
            </observed-paths>
            <engines>
            </engines>
        </component>
        <component>
            <name>org.freedesktop.IBus.Pinyin</name>
            <description>Pinyin Component</description>
            <version>1.3.10</version>
            <license>GPL</license>
            <author>Peng Huang &lt;[email protected]&gt;</author>
            <homepage>http://code.google.com/p/ibus</homepage>
            <exec>/usr/lib/ibus-pinyin/ibus-engine-pinyin --ibus</exec>
            <textdomain>ibus-pinyin</textdomain>
            <observed-paths>
                <path mtime="1283775049" >/usr/share/ibus/component/pinyin.xml</path>
            </observed-paths>
            <engines>
                    <engine>
                        <name>pinyin</name>
                        <longname>Pinyin</longname>
                        <description>Pinyin input method</description>
                        <language>zh</language>
                        <license>GPL</license>
                        <author>Peng Huang &lt;[email protected]&gt;
BYVoid &lt;[email protected]&gt;</author>
                        <icon>/usr/share/ibus-pinyin/icons/ibus-pinyin.svg</icon>
                        <layout>us</layout>
                        <hotkeys></hotkeys>
                        <rank>99</rank>
                    </engine>
                    <engine>
                        <name>bopomofo</name>
                        <longname>Bopomofo</longname>
                        <description>Bopomofo input method</description>
                        <language>zh</language>
                        <license>GPL</license>
                        <author>BYVoid &lt;[email protected]&gt;
Peng Huang &lt;[email protected]&gt;</author>
                        <icon>/usr/share/ibus-pinyin/icons/ibus-bopomofo.svg</icon>
                        <layout>us</layout>
                        <hotkeys></hotkeys>
                        <rank>98</rank>
                    </engine>
            </engines>
        </component>
        <component>
            <name>org.freedesktop.IBus.Table</name>
            <description>Table Component</description>
            <version>1.3.0.20100621</version>
            <license>LGPL</license>
            <author>Yuwei Yu &lt;[email protected]&gt;</author>
            <homepage>http://code.google.com/p/ibus</homepage>
            <exec>/usr/lib/ibus-table/ibus-engine-table --ibus</exec>
            <textdomain>ibus-table</textdomain>
            <observed-paths>
                <path mtime="1277194173" >/usr/share/ibus/component/table.xml</path>
                <path mtime="1286467693" >/usr/share/ibus-table/tables/</path>
                <path mtime="1277194174" >/usr/share/ibus-table/tables/compose.db</path>
                <path mtime="1277194174" >/usr/share/ibus-table/tables/template.txt</path>
            </observed-paths>
            <engines>
                    <engine>
                        <name>compose</name>
                        <longname>compose</longname>
                        <description>Mimic Compose Key input</description>
                        <language></language>
                        <license>GPL</license>
                        <author>Yu Yuwei &lt;[email protected]&gt;</author>
                        <icon>/usr/share/ibus-table/icons/compose.svg</icon>
                        <layout>us</layout>
                        <hotkeys></hotkeys>
                        <rank>0</rank>
                    </engine>
            </engines>
        </component>
        <component>
            <name>com.google.IBus.Mozc</name>
            <description>Mozc Component</description>
            <version>0.12.410.102-2</version>
            <license>New BSD</license>
            <author>Google Inc.</author>
            <homepage>http://code.google.com/p/mozc/</homepage>
            <exec>/usr/lib/ibus-mozc/ibus-engine-mozc --ibus</exec>
            <textdomain>ibus-mozc</textdomain>
            <observed-paths>
                <path mtime="1281735341" >/usr/share/ibus/component/mozc.xml</path>
            </observed-paths>
            <engines>
                    <engine>
                        <name>mozc-jp</name>
                        <longname>Mozc</longname>
                        <description>Mozc (Japanese Input Method)</description>
                        <language>ja</language>
                        <license></license>
                        <author></author>
                        <icon>/usr/share/ibus-mozc/product_icon.png</icon>
                        <layout>jp</layout>
                        <hotkeys></hotkeys>
                        <rank>0</rank>
                    </engine>
            </engines>
        </component>
    </components>
</ibus-registry>

ありがとうございます。ですが一先ずごめんなさい。
GNOME環境内での発症を確認したのはibusのアップデート前（1.3.7-1ubuntu3）でのものなので、まずは先日あったアップデート後（1.3.7-1ubuntu4）でも発症するのかを確認してからにします。（件に関連するアップデートではないと思いますが、副次的に解消していることを少し期待しています）
また、私のところでの発症率がどの程度なのかもちょっとわかってなく、これも前提として必要と思いますので、これも知ってからにします。時間かかりますね……。
（uotoraさんのところでは、短期間での検証で判断されているところから察するに、かなりの頻度だったようで）
とりあえず、10.10環境を継続的に使用してみます。

なお、発症を確認できなかった場合は無投稿という形でかえさせていただくと思います。ご了承ください。

（ちなみに、#13は比較されているところを間違われてますよ。mozcの情報は下の方にあります。ざっと見た限りでは差異はないのでは。[mtimeのところはインストール、アップデートした環境で変化するようです]）

uotoraさん、改めてありがとうございました。
こちらでも頻繁に発生するようになってしまいました。治しても発生を繰り返すいたちごっこで大変な状況です。（これ、疲れる…）
ということで、uotoraさんのアドバイス（＋α）を行なってみたのですが、結果は残念ながら効果ありませんでした。
もろもろについてはhttps://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic … 252#p73252で。

その後ですが、快適に動作しております。ON・OFFのインジケータですが、キーボードの上に「雲」マークのみの出現と思っていましたが、暫くぶり、サブモニタ
を表示させたら、サブモニタの右下に[「雲」+Mozc・「あ」・「→」・「★」]のインジケータが表示されていましたので、メインモニタの上部パネルに引き上げ表示
するようにしてます。
ON・OFFで[「雲」+Mozc・「あ」・「→」・「★」]と「雲」マークが同時に点灯・消灯してます。また[「雲」+Mozc・「あ」・「→」・「★」]から色々設定が出来ます。