そもそも、gvfsではなくsshfsでリモートなディレクトリをマウントしておけば、そのディレクトリにcdするだけで済みます。
というか、私ならsshfsを使います。

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敢えて質問に答えると、nautilus-open-terminalの「リモート端末の中で開く」と同じ事をやりたいなら、

ssh remote_user@remote_host -t 'cd /path/to/directory && exec $SHELL -'

です。

このsshコマンドは、Nautilusの右クリック->「リモート端末の中で開く」を選択した後に、ローカルマシンの端末で

ps aux | grep ssh

実行した結果の一部

user      1866  0.0  0.0   1900   500 pts/4    Ss+  18:16   0:00 /bin/sh -c ssh remote_user@remote_host -t 'cd '\''/path/to/directory'\'' && exec $SHELL -'

を見ても分かります。

なお、remote_user、remote_host、/path/to/directoryの相当値は、エディタで開いているファイルパス（~/.gvfs/なんとか）を自前で解析する羽目になりそうな気が。

nautilus-open-terminal 0.18のソースで言うと、 http://git.gnome.org/browse/nautilus-open-terminal/tree/src/nautilus-open-terminal.c の 関数 get_remote_ssh_command や 関数 parse_sftp_uri が参考になります。