問題発生箇所の大まかな切り分けをするために、まず、ゲストセッションもしくは新規Ubuntuユーザで、現象が発生するか試してみてください。

もし発生するなら、下記は試さず、「発生する」という事実だけを教えてください。

逆にもし発生しないなら、ユーザ設定に原因がある可能性が高いので、元々のユーザでログインし、

script -f log.txt -c 'bash -v'

し、exitした後に、log.txtを見て、「]: command not found」の箇所があるか探してみてください。
もし見つかったなら、自力で直せるなら直す。もし直せないなら、その箇所より前の数行をここに貼る。
# もし見つからないならば、私の当てが外れています。