その設定ファイルはaplayだけが使うのじゃないと思うけど、大丈夫ですか？
出来れば
$ aplay --help
でオプションを使って解決は出来ないでしょうか？　以下が質問の実行方法の一つです。

設定ファイルに全角が混ざらないように注意して下さい。
変更を希望している「数値」の手前の「＝」の前後に半角スペースが有ることに注意して下さい。

オリジナルファイルのバックアップ
$ sudo cp /etc/pulse/daemon.conf /etc/pulse/daemon.conf.backup

確認
$ ls /etc/pulse

現在の設定
$ grep 'size-msec' /etc/pulse/daemon.conf

変更
$ sudo sed 's/default-fragment-size-msec = 10/default-fragment-size-msec = 12/g' -i /etc/pulse/daemon.conf

　　書式　　sudo sed 's/<変更前の文字列>/<変更後の文字列>/g' -i <ファイル>

変更の確認
$ grep 'size-msec' /etc/pulse/daemon.conf

バックアップファイルの復元
$ sudo cp -f /etc/pulse/daemon.conf.backup /etc/pulse/daemon.conf

okadaさん、

/etc/pulse/daemon.conf を、ホームフォルダ配下の  .pulse フォルダにコピーし、コピー後ファイルを編集すればOKです。

参考) man pulse-daemon.conf

みなさんありがとうございます。

ユーザーホルダーの下、というのが分かりませんでしたが、隠しファイルになっているんですね。

隠しファイルを見えるようにすると　.PULSE　フォルダーが見えました。

そこへ、daemon.confをコピーし、編集、保存したら、pulseaudioで優先で読み込みました。

あとdefault.pa　と　pulse-client.confもコピーしました。こいつは触っていません。

さて、daemon.confなんですが、、

realtime-priorityを99までもっていっても3分に1回くらい途切れます。

加えてdefault-fragment-size-msec も30にしましたが、時々途切れる、、。

aplay -q -B100000 コマンドでバッファーを上げると大丈夫なようですが、daemon.confでバッファー設定しておくこととか出来ないもんでしょうか？

あまりバッファー上げないほうが音の鮮度がいいようですし、中々いじらしいですね（笑）

みなさんの設定が知りたいです！

＞STGSAGWANさん

ありがとうございます。新しいトピ立てました。よろしくお願いします。