そのJarファイルで構成されたプログラムは、リソース(この場合*.txt *.csv)を相対パスで扱っていますが、Jarファイルのあるディレクトリがカレントディレクトリでないと、起動時にリソースを見つけられずエラーする、という何とも言えない作りになっちゃってます。
そしてそのエラーをGUIで通知していない為、何が起きたのか分からないという落ち。
(本来そのあたりは考慮すべきかな、と)

参考までに、ファイルブラウザからの「～で開く」を利用したダブルクリック起動だと、カレントディレクトリをホームディレクトリとし 絶対パスで起動する動きのようです。(Nautilusの「～で開く」の仕様か？)
# psコマンドでプロセスとコマンドラインを特定し、pwdxでそのプロセスを見てやると、そうなってます。

従って、回避策の基本は、Jarファイルの格納されたディレクトリをカレントディレクトリとした上で、「java -jar Jarファイル名」で起動でOKです。

具体的には端末を開き、

cd ~/GANSIMU_MHP3_0.9.2
java -jar 頑シミュ.jar

です。

なお、前提は次の通り。
・JRE(例えばsun-java6-jre)は事前インストール済み。
・Jarファイルのフォルダは ~/GANSIMU_MHP3_0.9.2
・Jarファイルの位置は ~/GANSIMU_MHP3_0.9.2/頑シミュ.jar
※ チルダ記号(~) は ユーザのホームディレクトリ (/home/user とか)

初心者には、2.の方法が直感的で一番分かりやすいと思っています。

起動用スクリプトのダブルクリックで起動する方法：

1. 頑シミュ.jarのあるフォルダ内に、(例えば)頑シミュ.sh というファイルを新規作成し、

#!/bin/sh
cd "$(dirname "$(readlink -f "$0")")"
exec java -jar 頑シミュ.jar

と書く。
2. 新規作成したファイルを右クリック->アクセス権->プログラムとして実行できるにチェックON。
3. 作成したファイルをダブルクリック -> ダイアログで「実行する」を選択。

すみません、実行しても反応がないのですが…

どうすればよいのでしょう　ご指南お願いします。

あけましておめでとうございます。

投稿＃２の方法では実行できました。　ありがとうございます。
ですが、ダブルクリックで起動する方法をしても反応がありませんでした。