いつから変わったのか把握していませんが、VirtualBoxレポジトリの追加の方法でnon-freeだったのがcontribに変わっているので下記を参照して、現在の設定内容に合わせて読み替えてください。
http://www.virtualbox.org/wiki/Linux_Downloads

# 実は先々週くらいに気付いて自分の/etc/apt/sources.list.d/以下を修正したところだったりします。

　こんにちは、d-600さん。

　Virtual boxを開いたとき左上の「ファイル」をクリックし、「仮想アプライアンス
のエクスポート」をクリックして、現在のWin 設定を保存しておくことを進めます。
バージョンアップするとWin が起動しないことがありました。そのような場合には、
「仮想アプライアンスのインポート」にて復活し、Win を再インストールすることなく
Win が無事に起動出来ました。

d-600 による投稿:

前のバージョンに上書きインストールする感じでしょうか？

パッケージ管理システムにより、古いバージョンのパッケージが、新しいバージョンのパッケージで置き換えられます。
手動で古いパッケージをアンインストールしてから新しいものをインストールしてもよいのですが、依存関係で消したくないものが消されてしまったりということも場合によってはある(VirtualBoxの場合は無かったような気もしますが)のでパッケージ管理システムに任せるのが楽チンです。

d-600 による投稿:

中にインストールしてあるXPに影響または変化はないのでしょうか？
バージョンアップして前のOSが起動しなくなったというような話をどこかでみたような気がしますが。

VirtualBox本体と、仮想HDDや仮想マシンなどは別管理なので基本的には影響しないはずなのですが、VirtualBoxをアップグレードすると仮想マシンが動かなくなったという話は私も聞いた記憶があります。
prairieさんが書かれたようにエクスポートしておく方が安全ですね。

d-600 による投稿:

それと仮想アプライアンスのエクスポートを詳しく説明しているサイトがありましたらば教えて下さい。
よろしくお願いします。

Windowsでの例ですが、ぐぐって割りと上の方に来たものに、
http://anoyamanomukouni.blog130.fc2.com/blog-entry-185.html
などがありました。参考になりますでしょうか。

d-600さん、petitbootangさん、ごめんなさい。
ちょっと勘違いがありました。
non-freeからcontribに変わったのはVirtualBoxの4.0系列からだけのようです。
3.2系列は今でもnon-freeで提供されているようですので、3.2.12にアップグレードしたい場合はnon-freeを指定して下さい。
いつか4.0系列に移行することを考えて両方登録しておくのもよいかもです。
以下、ご参考まで現在の私の設定です。

$ cd /etc/apt/sources.list.d
$ cat virtualbox.list
deb http://download.virtualbox.org/virtualbox/debian maverick non-free
deb http://download.virtualbox.org/virtualbox/debian maverick contrib

# non-freeなしでaptitude search virtualboxして3.2が表示されないのに気付きました。。