起動されるカーネルが同じであれば、システムに違いは現れません。


大きな違いはmeu.lst の更新です。
現在UbuntuにはGRUB2がインストールされているので、システムの更新はgrub.cfg に反映されます。
２段階ブートを行っていないと新しいカーネルがインストールされてもC:\menu.lstは手書きでエントリーを追加しないと何時までも以前のカーネルを起動させる設定のままです。
ただしカーネルの指定が/vmlinz の様にカーネルへのリンクを指している場合リンクは絶えず最新のカーネルに張られているので、その限りではありません。


grub4dosからGRUB2へ２段階ブートしない場合はGRUB2の機能が使えなくなります。
GRUB2では起動時のメニュー画面の背景に（そこそこの色数の）画像を表示することが出来ます。
それ以外ではモジュールを別途用意して組み込む事で将来的な多様化に対応しているっぽいけどエンドユーザーには、どうでも良い部分かも。


近い将来10.10以降をクリーンインストールされる事が有る場合の話、、、
10.10から採用されている新しいファイルシステム「btrfs」にはGRUB2は対応していません。
/bootをExt3,Ext4にする必要があります。
GRUB2は近い将来「btrfs」対応のモジュールを提供する可能性が予想されますので11.04以降btrfsが普及する動きが有っても「システムにGRUB2を使用」していれば（現在の状態）grub4dosが対応していなくても２段階ブートで回避できます。

ごめんなさい。書き方が悪かった様ですね。
10.10でGRUB２が使えないのでは無いです。「使えます」。

10.10から採用されている新しいファイルシステム「btrfs」を現バージョンのGRUB2は認識できないで、インストール時のパーティションのフォーマットに「btrfs」を選択した場合は/boot を分けてExt4等のフォーマットを適用するべき、との事なのでファイルシステムが「btrfs」では無い場合は問題は起きない。

近い将来、GRUB2は「btrfs」に対応するでしょう。

以上を踏まえて将来的にgrub4dosを使用する前提で未来バージョンのUbuntuが「btrfs」標準だった場合や「btrfs」を採用したい場合はGRUB2を経由する方法を用いれば大丈夫でしょう。という内容です。

（理解していなくて、ある日突然？１～２年後に起動できないパニックの為の予備知識）