あの、テーマの配布サイトではなく、テーマを適用するソフトですが。

こんなのどうですか？

GDMに対する「外観の設定」画面でやる方法
他にも方法は色々あるようですが、私が実際に試した上では、一番直感的で分かりやすい方法だと思います。
なお、これは正式な方法ではないです。

参考：
http://ubuntuforums.org/showpost.php?s=35b7175046256481991eb533c1a912be&p=8271948&postcount=10

前準備

sudo cp /usr/share/applications/gnome-appearance-properties.desktop /usr/share/gdm/autostart/LoginWindow

↓
ログオフ
↓
ログイン画面にて、「外観の設定」画面が自動的に起動する → 色々設定後、画面を閉じる
↓
ログイン
↓
後片付け

sudo rm /usr/share/gdm/autostart/LoginWindow/gnome-appearance-properties.desktop

↓
ログオフ
↓
ログイン画面のテーマが変更されているのを確認できる

ackさん による投稿:

9.10からGDMのバージョンが変わり、これまで配布されていたGDMのテーマは全てそのままでは使えなくなりました。
そのためテーマを適用するソフトも存在しません。

なるほど、ありがとうございます。
結構色々なカスタマイズ？系のツールが消えたり機能が減ったりしているのはそう言う事だったんですね。

これだと10.10辺りで9.04以前は完全に過去のシステムになってしまいそうですね。
（基本は変わらないでしょうが細部の設定や手法が違ってくるんだろうなぁ）