申し訳ありませんが、私はubunntuを使い込んでいるわけではなく初心者の域ですが、どなたからもご返信が無いようなので、きっかけになればと…
解決方法ではなく、まずは現況確認ということで。

>最初は認識していた（マウント？）USBメモリなどが、少したつと認識されなくなってしまいます
→「認識していた」と「認識されなくなって」とは、どういう状態ですか?
　例えば、「デスクトップに表示されたのがされなくなった」とか、「場所→コンピュータ/リムーバブルメディア」にリストアップされなくなったとか。
→「少したつと認識されなくなって」とは？　「起動中に時間が立つと」なのか、「何回か起動を繰り返すと」なのか。

CDドライブ(外付けでも)、LiveCD、余分なUSBメモリーがあれば、次を試してみたらどうなるでしょうか?
1)LiveCD起動ではどうなりますか?　LiveCDとは「Ubuntu.iso」をCDに焼いたもので、起動時の「お試し」選択です。
2)USBメモリーにインストールして、そのUSBメモリー起動はどうなりますか?
　USBメモリーへのインストールは、LiveCD起動で、「インストール」※1と「スタートアップディスクの作成」※2の2種類。他のPCでの作成でも可。

※1 内臓HDのMBR書き換えなきようご注意を。
※2 この場合はLiveCDイメージをUSBメモリーから起動できるようになります(いわゆるLiveUSB)。LiveCD起動より、起動も動作も快適です。

こんにちは、自分も最近AO５３２hに　netbook版をインストールしている者です。
残念ながらUSBメモリでの同一体験はありません。環境的にはウインドウズXPとの共存インストです。
使っているUSBメモリはアイオーデータの４GBです。
このPCはUSBポートのコネクタが結構固くて挿入しにくいですね。３つのコネクタ全部で言えることでしょうか？

自分のAO５３２hはマルチスロットが認識されません。

＞hmatsueさん
やってみました

Feb 16 06:18:11 wacko-myPC kernel: [  294.099274] WARNING! power/level is deprecated; use power/control instead
Feb 16 06:18:11 wacko-myPC kernel: [  294.176639] usb 1-3: USB disconnect, address 5
Feb 16 06:18:17 wacko-myPC kernel: [  299.484185] usb 1-3: new high speed USB device using ehci_hcd and address 6
Feb 16 06:18:17 wacko-myPC kernel: [  299.620504] scsi6 : usb-storage 1-3:1.0
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.119152] scsi 6:0:0:0: Direct-Access     Kingmax  USB2.0 FlashDisk 1100 PQ: 0 ANSI: 0 CCS
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.121774] sd 6:0:0:0: Attached scsi generic sg1 type 0
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.132448] sd 6:0:0:0: [sdb] 3883008 512-byte logical blocks: (1.98 GB/1.85 GiB)
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.133333] sd 6:0:0:0: [sdb] Write Protect is off
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.139567]  sdb: sdb1
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.145221] sd 6:0:0:0: [sdb] Attached SCSI removable disk

ubuntu10.10を入れてすぐにUSBを差し、安全に抜くとやったらマウントできなくなりましたorz

あと、一応ですがディスクユーティリティーで見た感じ認識はしてますね。

ですがボリュームをマウントを選ぶと
Error mounting: mount exited with exit code 1: helper failed with:
mount: according to mtab, /dev/sda1 is already mounted on /
mount failed
とでてきます

ファイルシステムを見ると正常ではありませんと……
USBでやったときのログがUSB内に入っていて出せないので……すみません

すみません。フォローがついているのに気づいていませんでした。。

wacko による投稿:

Feb 16 06:18:11 wacko-myPC kernel: [  294.099274] WARNING! power/level is deprecated; use power/control instead
Feb 16 06:18:11 wacko-myPC kernel: [  294.176639] usb 1-3: USB disconnect, address 5
Feb 16 06:18:17 wacko-myPC kernel: [  299.484185] usb 1-3: new high speed USB device using ehci_hcd and address 6
Feb 16 06:18:17 wacko-myPC kernel: [  299.620504] scsi6 : usb-storage 1-3:1.0
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.119152] scsi 6:0:0:0: Direct-Access     Kingmax  USB2.0 FlashDisk 1100 PQ: 0 ANSI: 0 CCS
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.121774] sd 6:0:0:0: Attached scsi generic sg1 type 0
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.132448] sd 6:0:0:0: [sdb] 3883008 512-byte logical blocks: (1.98 GB/1.85 GiB)
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.133333] sd 6:0:0:0: [sdb] Write Protect is off
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.139567]  sdb: sdb1
Feb 16 06:18:18 wacko-myPC kernel: [  301.145221] sd 6:0:0:0: [sdb] Attached SCSI removable disk

ubuntu10.10を入れてすぐにUSBを差し、安全に抜くとやったらマウントできなくなりましたorz

ちょっと状況が飲み込めないのですが、上記のログはHDDにインストールしたUbuntuを起動したときのログでしょうか。
「Ubuntu 10.10を入れて」というのは再インストールした直後、という意味でしょうか。
その後の、「安全に抜くとやったらマウントできなくなりました」とありますが、ログを見た限りでは少なくともカーネルはsdbとしてUSBメモリを認識しているようです。ログはUSBメモリが認識されたときのログでしょうか。あるいは認識されなくなったときのログでしょうか。

wacko による投稿:

ですがボリュームをマウントを選ぶと
Error mounting: mount exited with exit code 1: helper failed with:
mount: according to mtab, /dev/sda1 is already mounted on /
mount failed
とでてきます

これは操作ミス、というか、Ubuntuをインストールしてある領域をマウントしているだけだったりしないでしょうか。上記のログと同じタイミングで試したのであれば、sdaとsdbでデバイス名が異なっているようです。

wacko による投稿:

USBからubuntuを起動して、そこからUSBを入れてskydriveにUSBからの奴を保存
そして普通に起動してダウンロードでいけました！

これはUSBメモリにUbuntuを通常インストールして、そのUSBメモリから起動したという意味でしょうか。
あるいはUSBメモリをLiveUSB化して、そのUSBメモリから起動したという意味でしょうか。
後半の「そこからUSBを入れてskydriveにUSBからの奴を保存そして普通に起動してダウンロードでいけました」の部分が理解できませんでした。もう少し詳しく試したことをご説明下さい。

wacko による投稿:

Feb 16 12:51:30 ubuntu kernel: [  179.133225] usb 1-3: USB disconnect, address 4
Feb 16 12:52:08 ubuntu kernel: [  217.080169] usb 1-3: new high speed USB device using ehci_hcd and address 5
Feb 16 12:52:08 ubuntu kernel: [  217.215969] scsi5 : usb-storage 1-3:1.0
Feb 16 12:52:09 ubuntu kernel: [  218.217251] scsi 5:0:0:0: Direct-Access     SD/MMC   Card  Reader     1.00 PQ: 0 ANSI: 0
Feb 16 12:52:09 ubuntu kernel: [  218.219488] sd 5:0:0:0: Attached scsi generic sg1 type 0
Feb 16 12:52:10 ubuntu kernel: [  218.521629] sd 5:0:0:0: [sdb] 7741440 512-byte logical blocks: (3.96 GB/3.69 GiB)
Feb 16 12:52:10 ubuntu kernel: [  218.523714] sd 5:0:0:0: [sdb] Write Protect is off
Feb 16 12:52:10 ubuntu kernel: [  218.531619]  sdb: sdb1
Feb 16 12:52:10 ubuntu kernel: [  218.543285] sd 5:0:0:0: [sdb] Attached SCSI removable disk
Feb 16 12:53:51 ubuntu kernel: [  319.981838] ADDRCONF(NETDEV_CHANGE): wlan0: link becomes ready

前回のログをとったときと、使用した機器は違うようですが、これもカーネルはsdbとして認識していますね。
この状態はUSBメモリなどが正常に(期待通りに)動作している状態でしょうか。
あるいは、やはりデスクトップにアイコンが表示されない状態でしょうか。
少し不思議な点は、USBメモリからシステムを起動したのであれば、内蔵HDDがsdaに、起動に使ったUSBメモリがsdbに、後から挿入したUSBメモリはsdcなどとして認識されそうなものですが。。

再インストールやLiveUSBでも同様の現象が見られるということは設定的な問題では無く、ハードウェアやチップセットドライバなどに起因する問題の可能性が高いように思えます。
一番最初にUbuntuをインストールしたときも同じような状態だったでしょうか。あるいは、いつからか、USBメモリが認識されなくなるという症状がでるようになったのでしょうか。

最初から同じ状態であったならハードウェアやチップセットドライバに起因する問題の可能性が高いかと思います。途中から見られるようになった症状であれば、BIOS設定に変更があったとか、なにかが壊れかけているなどが疑わしいです。

SDカードスロットの話題なのでUSBメモリの問題とは別かも知れませんが、
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1493582&page=2
を見るとカーネル側のバグでSDカードリーダは使えないように読めます。
次のバージョンのカーネルでは動くようですが。。

サードパーティ製のドライバというと一部の無線LANとか、グラフィックチップとかだと思いますが、これらがUSBデバイスの認識に影響することがあるのかというと、普通は無いような気がするのですが。。
現象が不安定なことを考えると、ハードウェア不良の可能性も考えておいた方が良いかも知れませんね。
しばらく様子を見て、やはり動作が不安定であるようならば、メーカや購入店に一度相談していただいた方が良いかも知れません。