独立したパーティションやHDDの影響を受けてUbuntuのシステムが不安定になることは考え難いです。

急激な電源遮断などでUbuntuのファイルシステムが壊れている場合は　# fsck で修復を試みます。
ライブCD等から
$ sudo fdisk -y /dev/sd..

設定上の問題も考えられますが、心当たりは無いのですよね。それに設定では挙動は一定していると思えますので可能性は薄く思います。

HDDの寿命が近付いている場合は、システム管理のディスクユーリティティから「SMART データ(A)」をクリックしてチェックしてみると何か分かるかもしれません。

度々申し訳ありません。
問題を解決しようとHDDの無効を解除してubuntuを起動したところ
問題なく立ち上がり、アップデートマネージャーやソフトウエアセンターもダウンロード出来るようになっていました。
HDDのほうは、システム管理のディスクユーティリティで調べて問題はありませんでした。
一時的に何かの原因で不安定になっていたのかもしれません、
取りあえずこのまま使ってみます。お騒がせして申し訳ありません。また貴重なご意見有難うございました。
ubutuを始めたら面白くなって色々勉強させてもらいます。これからもよろしくお願いいたします。