普通はHDDのパーティションを切り直します。
その為に幾つかの選択肢があります。

・HDDをフォーマットする。全てのデータは失われてUbuntuは再インストールします。メリットは手軽で時間的にも早い。

・パーティションエディタ（UbuntuライブCDからGPartedを使用）を使用してHDDのパーティションを再構築します。
メリットはデータ（OSも含む）を保持したままパーティション操作が出来る。　反面、容量にもよりますが恐ろしく時間がかかります。数時間から十数時間、その間に何かのトラブル（小さなエラーでも）有れば、最初からやり直しか、データが損傷して既存のOSが起動できなくなる可能性も有ります。

・HDD以外に/boot を置く。USBメモリ等GRUBが認識できるデバイスに/bootを置くことが出来ますが起動時には必ず/bootを置いたデバイスが無いといけません。

予めデータをバックアップするのも良い考えです。
まずは希望の方法を選択してください。