下手な説明しかできまず、苦しい説明になりますが書きます。
例えばの話。
「Thuderbird」「ブラウザ」「Openoffice」「音楽」を開いていたと仮定します。
すると下部のバーに上記４つが表記され、それをクリックするだけで切り替えができます。
Dockyが下部のバーにかぶさる形で表記されているため、Dockyの切り替えはできますが「Thuderbird」「ブラウザ」「Openoffice」「音楽」の切り替えができません。
何故ならば、下部のバーより上に鮮明にDockyが表記され開いている下部のバーのリストは薄く見えていて、Dockyはクリックできますが下部のバーはクリックできません。
KDEみたいに左側にDockyまたはツールバーが表記されれば画面を有効に活用できると思います。

まぁ、実は今の状態でも満足していますが欲を言っています。
なにせ今は無きIBMブランド(現Lenovo...絶対に買いません。)がUbuntuで完全復活しました。
WallPaperのセンスは抜群に美しく、ラジオ局も豊富で国内のFM放送も聴けます。
テレビももっと追求すれば、海外ならば快適に見れると思っています。
「Windows7 Ultimate」よりもコッチがメインに使うパソコンになりました。

本題に戻ります。
Dockyのアイコンを小さくして、下部のバーの表記スペースを持たせるとどうなるか試してみます。
やってみて結果を報告します。

それでは失礼します。

dockyの一番左の錨マークをクリックすると、「Dockyの設定」が開きますので、ドック設定の隠す方法で、「なし、自動的に隠す、賢く隠す、ウインドウ回避」のうち、賢く隠すを選んで閉じてください。

これで解決すると思いますが。
ちなみに、私の設定はアイコンの大きさ：48で、ズーム（200％）、3D背景、ランチャーを有していないウインドウを管理にチェックが入っています。