もう少し詳しい状況説明が必要です。
例えば、

Wanux による投稿:

③なんかファイルが消えまくってる・・・・

どのような状況でそうなったのでしょうか。
直前の操作はどのようなものだったでしょうか。
また、ファイルが消えたというのはどのように確認されましたか。
具体的には、どのようなファイルが消えているのでしょうか。

Wanux による投稿:

④再起動したら、スタートアップの修復と出た。

スタートアップ修復を実行したのでしょうか。
PCの型式はなんでしょうか。
PCのマニュアルを参照して、スタートアップ修復が何をやるのかも確認してみて下さい。

Wanux による投稿:

そして今朝Ubuntu大丈夫かなとやってみたら
ファイルがみつかりませんとでました。

Ubuntuを起動するまでの手順はどのようなものでしょうか。
また、「ファイルがみつかりません」というエラーが表示されたのでしょうか。
もし意訳したものであれば、正確なエラーメッセージを投稿願います。