linuxパーティションの場合、os-proberの次にlinux-boot-proberに渡されるのですが、その中でなんらかの原因で起動方法が判明しない場合には、結果的にメニューに載らないようです。
　該当のスクリプトおよびそこから呼ばれるスクリプトは、loggerによりwarnやdebugレベルで、syslogdへの出力を行うようになっているので、それらを有効にして内容を確認するのが良さそうなのですが・・・すいません、その辺の設定の仕方はわかりません(この辺がわかる人、お願いします・・・）

ざっと、スクリプトを見た限り、
・そのパーティションが未mountでmountに失敗した。
・そのパーティションがmount済なんだけど、パーティションの種類が不明かLUKSで暗号化されていた。
・mount後の調査で、どの起動タイプとも一致しなかった。
　（grub,grub2,lilo,fallback(※)での起動の関連ファイルを調査するようにできているようです）
・上記で起動タイプは一致していたものの、関連ファイルの解析に失敗した。
　（関連ファイルを解析して自身の起動のオプションの構築に利用しているようです。器用なつくりだ・・・）
あたりがありそうなので、以下の情報を書いていただくとよいかと思います。
(1)vine linuxの/もしくは/と/boot(別の場合)のファイルシステム(ext4とかntfsとか)
(2)vine linuxが用いているboot loader(grub2とかgrub1とかliloとか)
(3)os-proberがなにか出力していないか、syslogを確認。

※fallbackは、/vmlinu[xz]、/boot/vmlinu[xz]、/boot/vmlinu[xz]*、/bmlinu[xz]* のファイル/シンボリックリンクを見つけて利用する方式。


vine linuxは、grub2が自動判定するところから、ちょっとだけ外れているのかもしれません。原因は気になるのですが、原因を特定しても手の出しようが無い場所(gurb2やos-prober自身を変更することになる)の可能性も高いので、40_customを利用して、vine linux用の起動メニューを定義してしまうのも手です。

　確認です。

　念のため、menu.lstのあるディレクトリに、「grub.cfg」が存在しないことを確認しておいてください(同じディレクトリに両方あると、grub.cfgが優先される、menu.lstは無視されるっぽいため)

ubuntuからみた際の、
/dev/sda3がvine linuxのbootパーティション(/boot)
/dev/sda2がvine linuxのrootパーティション(/)
（vine linuxの他のパーティションは起動には関係ないので問題なし）
ということでよいでしょうか？
もし、そうだとすると・・・

　もしかしたら、root(/)とboot(/boot)を分けていると、うまくメニューに取り込めないのかもしれません。もうちょっと調べてみます(この辺の調査はもう、個人的な興味の範囲ですが・・・）

　とりあえず起動できるようにということであれば、40_customにmenuentoryの定義を直接追加してしまうのが簡単です。以下のような感じで、40_customの「3行目以降に」追加すると、grub2の自動解析とは別に、独自にgrub.cfgに内容を追記できます。
（カーネルが、currentとpreventで固定のファイル名を持っているのって、管理が楽でいいですね・・・）
---
menuentry "Vine Linux (Current kernel　)(on /dev/sda2)" {
        insmod ext2
        set root=(hd0,2)
        linux   /vmlinuz ro root=LABEL=/ resume=swap:/dev/sda6 vga=0x314 splash=silent
        initrd  /initrd.img
}

menuentry "Vine Linux (Previous kernel)(on /dev/sda2)" {
        insmod ext2
        set root=(hd0,2)
        linux   /vmlinuz.old ro root=LABEL=/ resume=swap:/dev/sda6 vga=0x314 splash=silent
        initrd  /initrd.old.img
}
---
※grub.cfgとは独立しているので、もし、grub2の解析でうまく行ってvine linuxがメニューに追加されるようになったとしても、40_customから消さない限りはメニューに載り続けます。
※(on /dev/sda2)とすると、他のOSから取り込んだエントリとして扱われ、他のディストリビューションのgrub2のproberに載らないようです(相互に参照して増え続ける・・・ということを防ぐ)