$ lsmod |grep 1394
$ sudo modprobe ieee1394
$ lsmod |grep 1394

ではどうでしょうか？
最初と最後はモジュールのロードの確認で鵜す。

ご返信ありがとうございます。

カードを挿さずに起動しても以下のモジュールはロードされています。
ohci1394
raw1394
ieee1394

rmmodで上記の3つをアンロードした後に、カードを挿してsudo modprobeで３つをロードし直して見ましたが、
カードを認識してはくれませんでした。

ちなみに、PC起動時にBIOSに移行できるロゴ画面がありますが、
その画面から切り替わった直後にカードを挿すとうまく起動してくれることが分かりました。
オーディオインターフェイスを繋いでjack経由で録音再生をすることもできましたが、
毎回起動時にシビアなタイミングでカードを抜き挿しすることを考えると、とても切ない気分になります。

FireWire系のドキュメントはチェックしておりますが、これらはFireWireを使えるようにするためのもので、
起動後にPCI Expressカードを挿して認識させるという例外的?なものには触れていません。

そもそもモジュールが有効かどうかではなく、PCIデバイスとして認識していないので、
起動後にデバイスを再度認識させるような方法がないものかと考えております。

もし他に何かアイデアがありましたら、よろしくお願いいたします。

　ubuntu studio10.10を使ったことがないので参考程度にしかならないと思いますが、私の
ubuntu10.10では、新モジュールが使われています。

　/etc/modprobe.d/blacklist-firewire.confは次のようになっています。

　　# Select the legacy firewire stack over the new CONFIG_FIREWIRE one.

　　　blacklist ohci1394
　　　blacklist sbp2
　　　blacklist dv1394
　　　blacklist raw1394
　　　blacklist video1394

　　　#blacklist firewire-ohci
　　　#blacklist firewire-sbp2

　上のように旧モジュールは無効になっていて、新モジュール（firewire-ohci,firewire-sbp2)が
有効になっています。

　blacklist-firewire.confを確認して、旧モジュールが使われていた場合、上のように編集後、保存して
次のコマンドで設定を有効にして試してみてください。

　　sudo  update-initramfs -u

　これで起動時に新モジュールがカーネルにロードされます。
参考にlsmodの内容を書いときます。

　$ lsmod|grep firewire
　　firewire_sbp2          12767  0
　　firewire_ohci          21234  0
　　firewire_core          46643  2 firewire_sbp2,firewire_ohci
　　crc_itu_t               1383  1 firewire_core

　以上です。

　　　　

皆様ご返信有難う御座いました。
また、返信が遅くなって申し訳ありません。

Mocchiさんがまとめられている通りに、ハードウェア認識の問題ですので、
結局私が知りたかったのはWindowsで言うところの、
デバイスマネージャの”ハードウェア変更のスキャン”機能に類似するものだと思います。

色々検索してみた結果、情報は少ないのですがノートPCでのPciExpressCardは結構同じような症状があるみたいです。
私のノートはBTOショップのオリジナルのものですが、有名メーカーのPCでも全く同じ症状が紹介されていました。
ちなみにBIOSはオンボードサウンドを切ることすらできないようなショボイ物ですので、Pci系の設定もできません。

WindowsXPで実験していると久しぶりにブルーの画面を何度も見ましたので、PC自体の故障も怖いですし、
運が悪かったということでこのカードでの使用は諦めようと思います。

Mocchiさん
ubuntu studio tipsを編集されている方ですよね？
あの記事にはいつも助けられております。
今後とも宜しくお願いいたします。