ご回答ありがとうございます。
あらためて確認してみましたが、おそらくケーブルなどの問題はないようです。
他のHDD(SATA 320G)でも同様な問題が生じますし、何回か交換・差し直して試してみましたがだめでした。
また、同一の構成でWindowsXPは支障なくインストールできています（すぐ消したので円滑に動作するかはわかりませんが）。

>ところが、フォーマットをreiserfs にすると問題なく動くようです（ext2ではダメでした）。

このようにreiserfsなら問題なくフォーマット・コピーなど動作しているという状況なのですが、自分の知識ではハードウェア的な問題なのかソフトウェア（OS?）的な問題なのか切り分けできずにおります。ext3/2まわりだけ問題が生じているような気がするのですが・・・。

ハードウェア的なチェックについて、memtestなどはまだ試せていないので、これからやってみようかと思います。

とても明確な回答、ありがとうございます。
SATAとSB600で検索してみたところ、bootオプションで回避できるというような情報があったので少し試したのですが、いまのところうまくいっていません。
reiserfsでいまのところ問題なく動いているようなので、せっかくですしダメモトでカーネルコンパイルに挑戦してみようかと思います。とりあえず情報収集からですが・・・・。ありがとうございました。