uotoraさん
アドバイス有難うございます。

uotora による投稿:

「アプリケーション」→「アクセサリ」→「端末」で
   

コード:

 sudo gedit /etc/fonts/conf.d/69-language-selector-ja-jp.conf

・ オープンしたら
    ・ 13行目の <string>DejaVu Serif</string> を削除するか19行目に移動する。
    ・ 31行目の <string>DejaVu Serif</string> を削除するか39行目に移動する。

・ 結果の検証はhttp://www.senat.co.jp/timetable/index.htmlの
    ・ 「仙台空港アクセス線時刻一覧」が文字化け無く表示されればOKである。

他のトピックでこのことも試しました。しかし私の結果は

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM "fonts.dtd">
<fontconfig>
    <!-- Japanese (ja) -->
    <match target="pattern">
        <test qual="any" name="family">
            <string>serif</string>
        </test>
        <edit name="family" mode="prepend" binding="strong">
            <string>Takao P明朝</string>
            <string>IPA P明朝</string>
            <string>IPA モナー P明朝</string>
            <string>梅P明朝</string>
            <string>さざなみ明朝</string>
            <string>東風明朝</string>
        </edit>
    </match>

    <match target="pattern">
        <test qual="any" name="family">
            <string>sans-serif</string>
        </test>
        <edit name="family" mode="prepend" binding="strong">
            <string>Takao Pゴシック</string>
            <string>IPA Pゴシック</string>
            <string>IPA モナー Pゴシック</string>
            <string>UmePlus P Gothic</string>
            <string>梅Pゴシック</string>
            <string>VL Pゴシック</string>
            <string>さざなみゴシック</string>
            <string>東風ゴシック</string>
        </edit>
    </match>

    <match target="pattern">
        <test qual="any" name="family">
            <string>monospace</string>
        </test>
        <edit name="family" mode="prepend" binding="strong">
            <string>Takaoゴシック</string>
            <string>IPAゴシック</string>
            <string>IPA モナー ゴシック</string>
            <string>UmePlus Gothic</string>
            <string>梅ゴシック</string>
            <string>VL ゴシック</string>
            <string>さざなみゴシック</string>
            <string>東風ゴシック</string>
        </edit>
    </match>

    <match target="pattern">
        <test qual="any" name="family">
            <string>Ryumin</string>
        </test>
        <edit name="family" mode="prepend" binding="strong">
            <string>Takao P明朝</string>
            <string>IPA P明朝</string>
            <string>IPA モナー P明朝</string>
            <string>梅P明朝</string>
            <string>さざなみ明朝</string>
            <string>東風明朝</string>
        </edit>
    </match>

    <match target="pattern">
        <test qual="any" name="family">
            <string>GothicBBB</string>
        </test>
        <edit name="family" mode="prepend" binding="strong">
            <string>Takao Pゴシック</string>
            <string>IPA Pゴシック</string>
            <string>IPA モナー Pゴシック</string>
            <string>UmePlus P Gothic</string>
            <string>梅Pゴシック</string>
            <string>VL Pゴシック</string>
            <string>さざなみ ゴシック</string>
            <string>東風ゴシック</string>
        </edit>
    </match>

    <match target="font">
        <test name="family" compare="contains">
            <string>Takaoゴシック</string>
            <string>Takao Pゴシック</string>
            <string>TakaoExゴシック</string>
            <string>Takao明朝</string>
            <string>Takao P明朝</string>
            <string>TakaoEx明朝</string>
            <string>IPAゴシック</string>
            <string>IPA Pゴシック</string>
            <string>IPAexゴシック</string>
            <string>IPA明朝</string>
            <string>IPA P明朝</string>
            <string>IPAex明朝</string>
            <string>IPA モナー ゴシック</string>
            <string>IPA モナー Pゴシック</string>
            <string>IPA モナー UIゴシック</string>
            <string>IPA モナー 明朝</string>
            <string>IPA モナー P明朝</string>
            <string>梅ゴシック</string>
            <string>梅ゴシックC4</string>
            <string>梅ゴシックC5</string>
            <string>梅ゴシックO5</string>
            <string>梅ゴシックS4</string>
            <string>梅ゴシックS5</string>
            <string>梅Pゴシック</string>
            <string>梅PゴシックC4</string>
            <string>梅PゴシックC5</string>
            <string>梅PゴシックO5</string>
            <string>梅PゴシックS4</string>
            <string>梅PゴシックS5</string>
            <string>梅明朝</string>
            <string>梅明朝S3</string>
            <string>梅P明朝</string>
            <string>梅P明朝S3</string>
            <string>梅UIゴシック</string>
            <string>梅UIゴシックO5</string>
            <string>UmePlus Gothic</string>
            <string>UmePlus P Gothic</string>
            <string>VL ゴシック</string>
            <string>VL Pゴシック</string>
            <string>さざなみゴシック</string>
            <string>さざなみ明朝</string>
            <string>東風ゴシック</string>
            <string>東風明朝</string>
            <string>TakaoGothic</string>
            <string>TakaoPGothic</string>
            <string>TakaoExGothic</string>
            <string>TakaoMincho</string>
            <string>TakaoPMincho</string>
            <string>TakaoExMincho</string>
            <string>IPAGothic</string>
            <string>IPAPGothic</string>
            <string>IPAexGothic</string>
            <string>IPAMincho</string>
            <string>IPAPMincho</string>
            <string>IPAexMincho</string>
            <string>IPAMonaGothic</string>
            <string>IPAMonaPGothic</string>
            <string>IPAMonaUIGothic</string>
            <string>IPAMonaMincho</string>
            <string>IPAMonaPMincho</string>
            <string>Ume Gothic</string>
            <string>Ume Gothic C4</string>
            <string>Ume Gothic C5</string>
            <string>Ume Gothic O5</string>
            <string>Ume Gothic S4</string>
            <string>Ume Gothic S5</string>
            <string>Ume P Gothic</string>
            <string>Ume P Gothic C4</string>
            <string>Ume P Gothic C5</string>
            <string>Ume P Gothic O5</string>
            <string>Ume P Gothic S4</string>
            <string>Ume P Gothic S5</string>
            <string>Ume Mincho</string>
            <string>Ume Mincho S3</string>
            <string>Ume P Mincho</string>
            <string>Ume P Mincho S3</string>
            <string>Ume UI Gothic</string>
            <string>Ume UI Gothic O5</string>
            <string>Ume Gothic</string>
            <string>Ume P Gothic</string>
            <string>VL Gothic</string>
            <string>VL PGothic</string>
            <string>Sazanami Gothic</string>
            <string>Sazanami Mincho</string>
            <string>Kochi Gothic</string>
            <string>Kochi Mincho</string>
        </test>
        <test name="pixelsize" compare="less_eq">
            <double>18</double>
        </test>
        <edit name="hintstyle" mode="assign">
            <const>hintnone</const>
        </edit>
        <edit name="embeddedbitmap">
             <bool>false</bool>
        </edit>
    </match>
    <!-- Japanese (ja) ends -->
</fontconfig>

であり、削除すべき対象がありません。
何か解決策はあるでしょうか？

uotoraさん　有難うございます

sudo apt-get install cmap-adobe-japan1又は cmap-adobe-japan2
sudo apt-get install poppler-data

上記についてはフォーラムで見させてもらい実行済みです。
再度やっても”最新バージョンです”となります。

hmatsueさん　有難うございます。

アドバイスいただいたように、一度アンインストールして”日本語セットアップへルパ”から再インストールしたら改善しました。

他の方のためにも自分が行ったことを記載しておきます。

※　”AdobeReader”は"ubuntuソフトウエアセンター→日本語環境（Ubuntu-ja）"からインストールしていました。

今回、”システム→システム管理→日本語セットアップへルパ”からインストールしようとしたところ”AdobeReaderの項目”がなかったため、”spamassasin-rule-ja”を選択し導入したところ、その過程で”AdebeReaderの項目”がでたため導入できました。

hmatsue による投稿:

特定のファイルやURLでのみ問題が見える場合、そのURLなどを投稿願えますでしょうか。
問題となっているサンプルが開示できない場合、文書のプロパティを確認し、フォントの情報を投稿下さい。

自分で作成したPDFはどれも問題なく表示できました。できなかったものの代表は・・・
よくこのフォーラムでもサンプルとして提示される

http://www.senat.co.jp/timetable/index.htmlの 「仙台空港アクセス線時刻一覧」PDF

も文字化けして見れませんでした。

よく理解できていないのですが、”ソフトウエアセンターの日本語環境”と”日本語セットアップへルパ”とではソースが違うのでしょうか？

AchAO による投稿:

今回、”システム→システム管理→日本語セットアップへルパ”からインストールしようとしたところ”AdobeReaderの項目”がなかったため、”spamassasin-rule-ja”を選択し導入したところ、その過程で”AdebeReaderの項目”がでたため導入できました。

日本語環境セットアップヘルパは、三段階ぐらいに別れていますが、それぞれの画面でインストールしたいものが無い場合は、そのまま気にせず進めていけば、最後の画面でAdobeReaderが表示されたのではないかと思います。

http://www.senat.co.jp/timetable/index.htmlの 「仙台空港アクセス線時刻一覧」PDF

このファイルは日本語フォントが埋め込まれていないため、PDF Reader側で日本語フォントを表示できる状態になっていなければ正しく表示させることができません。popplerなどは標準のドキュメントビュワーでのフォント関連のパッケージです。

AchAO による投稿:

よく理解できていないのですが、”ソフトウエアセンターの日本語環境”と”日本語セットアップへルパ”とではソースが違うのでしょうか？

ちゃんと確認したわけでは無い(今、Lubuntu環境なので。。)のですが、同じもののはずです。今まではAdobeReader用のIPAフォントをインストールしていなくて、今回日本語環境セットアップヘルパから導入したときは、フォントをインストールしたためにフォント埋め込みでないPDFの表示に差がでたのではないでしょうか。