まず、情報として幾つか提供しますので環境と照らし合わせて、もう一度投稿下さい。

isoファイルを焼いたディスクを使用すると（デスクトップ版）大きく分けて3つの機能が使用できます。
１、空きパーティションにUbuntuを通常インストールする。
２、Ｃドライブに仮想HDD？を作りＣドライブ上にUbuntuをインストールする。
３、HDDには一切変更を加えずにUbuntuを起動する。


１の方法ではインストールディスクをPCに入れて再起動するとUbuntuのインストールディスク（ライブCD）が立ち上がります。
10.04(9.10だったかな？)からは選択メニューは非表示でデフォルトでの設定秒数（多分3秒）以内に、何かキーを一つ押せば表示される仕様になっています。


２はＣドライブ上にUbuntuをインストールする「wubi」と言う方法を用いるのでWindowsが起動している状態でUbuntuインストールディスク（ライブCD）を挿入してwubi.exeをクリックします。

Windowsの設定でディスクが挿入されれば自動起動する設定が有効で、且つ自動実行前に確認をする設定が有効になって要れば #1 の状態になります。

恐らく、過去の記憶と１、２の動作の違いが混同しているのではと思うのですが、どうでしょうか。

最初に立ち上がる画面で「ソフトウェアとゲームに対しては常に次の動作を行う」をチェックしたところ、自動再生の画面は表示されなくなりました。
でも、ユーザーアカウント制御の画面が立ち上がります。
以前、Ubuntu9.04を使ったときも、今と同じWindowsVistaを使用してましたが、ユーザーアカウント制御の画面が立ち上がることはありませんでした。

いずれにしても、どうやらWindowsの仕様の問題のような気がします。
いろいろ教えて頂いておきながら申し訳ないのですが、この質問はこれでCloseとさせていただければ。
お手を煩わせて申し訳ありませんでした。