どこまでのログ何だろう？

・key入力のログ
・開いたWindow（ソフト含む）
・マウスカーソルの座標（膨大過ぎて現実的では無い）
ここまでが表面的なログ。

・接続したURL
・ダウンロードされた情報
・作成されたファイル
・クリップボードの服歴
・デスクトップのスクリーンショット

普通に関数を利用して個人で作成可能ですよ。
WindowsではGetForgroundWindowを使用しますが'ヒント'になるでしょうか？

この辺から辿れないのでは出来合いのツールになりますが殆どの場合は正当な用途ではないツールかな？と思います。
もっと単純に「監視」（正当な意味合いで）を行いログをとるのも普通に行われている事なので、ネットワークについて調べれば情報は集まるのではないでしょうか。

簡単なプログラムを組む意外にも単純なコマンド群も集まれば用を足すのでは？とも思えます。
ただ目的部分と、失礼ですが有意義とされている部分が理解出来ません。
GNOMEを含めそれ以外の環境も確立されていて完成されています、もちろん最終形ではないので進化しています。
マイナーで未開な（失礼）環境への模倣とするにしても、その知識が有れば質問の内容がそぐわない感じがします。

もう少し具体的な「何」がしたいが分かれば良いコメントが付くと思いますよ。

コマンドが使用されている可能性は限りなく100%に近い値と考えていたのですが、、、

例えばGUIでフォルダを新規作成する場合に、コマンド「mkdir」を利用せずにシステムコール、ライブラリ、APIを利用していると考えています。実際にコマンドへのパスを断ってGUI操作すると明白になるでしょう。

「コマンド　strace」を利用するのはどうでしょうか。

提案としてはGUIで小さなウィンドウアプリケーションを３つ４つ作れば「理解」の望みは叶うはずです。

そうなると（コマンドで限定すると）、もっと範囲を絞って表面に上がって行くことになると思います。
一つ下層の処理に行くと別物になります。
基本的に全てプログラミングベースで動いていてマウスクリック、ドラッグ、ドロップ等の代わりに命令文をソフトに送ります、その命令文を今回は「コマンド」と取り替えて下さい。

Ubuntu10.10以前ではGNOME上で動作するツール（11.04ではデスクトップ環境の移行が試みられる）に限定されます。
manで調べるとコマンドラインでの操作方法が表示されます。
またはヘルプで簡易的な操作方法が表示されます。
GUIツール（ソフト）類はコマンドを使用しないもの、CUIツールのラッパー（GUI用のフロントエンド）だったり逆にシェルコマンドと組み合わせて完結するものも僅かですが存在します。

例えばウィンドウの操作ですが採用されているファイルマネージャは nautilusですので
$ man  nautilus

音量はgnome-volume-control
$ man gnome-volume-control

となります。
ヘルプのオプションは　-h   --help  -?
上記の３つがよく使用されていますので
$ nautilus -h

と使用します。

ツールの名前が分からないときはアイコンを右クリックで「ほのランチャをxxに追加」を選択して作成されたランチャーのアイコンを右クリックします。プロパティのコマンド欄に呼び出しに使うツール名と必要であれば引数が記載されていますので、そこから辿って下さい。

しかし命令（マウスクリックやドラッグ等）を一度コマンドに変換してソフトに渡すような動作は行っていないので希望する情報はmanやhelpでは得られないかもしれません。