kokawa2003 による投稿:

１、~,/etc/ をバックアップ
２、６４bitをクリーンインストール
３．~,/etc/ をリストア
４．さまざまな設定をあらためてする＋ソフトを入れる

私もこのパターンが一番良さそうに思います。

kokawa2003 による投稿:

そもそも　~,/etc/ は３２、６４で共通なんだろうか？

同じソフトかつ同名の設定ファイル、かつソフト側でも対応されているものについては同じ設定ファイルが
「最適な設定か否かはわからないが」ソフトに設定が読み込まれると思います。
※例えば /etc/ntp.conf ファイルは同じものが32bitでも64bitでも(PowerPC版でも)使えるような。

ただ 例えば /etc 以下のファイル構成が配置や数まで含めてまったく同じではなかったような気がしますので
「そっくり丸ごと入れ替え」は問題を起こすように思います。

kokawa2003 による投稿:

私が最も懸念するのはＶｉｒｔｕａｌＢｏｘとかのバイナリイメージが
３２、６４で互換性ないんじゃないのか？というような
～にあるバイナリファイルがじつはだめなんじゃないのか？

その辺りは全て「各ソフトによる」となるかと思います。
1つ私が知っている事として、VirtualBoxについては仮想マシンイメージファイル(.vbox)は
それを実行するVirtualBoxのアプリ本体が32bit版でも64bit版でも同じものが使え(読み込め)ます。