さっそくご回答感謝致します。
/etc/apt/sources.list.d/ubuntu-ja.list
の内容を張り付けます。

## Ubuntu Japanese LoCo Team's 3rd party repository for Ubuntu 11.04
## Please report any bug on https://bugs.launchpad.net/ubuntu-jp-improvement
deb http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu natty main
deb-src http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu natty main
deb http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja natty
deb-src http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja natty

以上です。

なるほど、問題があるならそのファイルの中身を確認すればいいんですもんね…
インストール後にいきなりコケたのでちょっとパニクってました（笑）

どこからDLされたか知りませんが、出来上がっていないものを「エラーがある」言われても意味がないでしょう。
いつもは、5月の初旬（5〜10日）頃でしょう。

5行目と6行目の最後「natty」の箇所を「natty-non-free/」にすると解決すると思います。
https://www.ubuntulinux.jp/sources.list.d/natty.list
では「natty-non-free/」になっているのですが、CDの方に何らかの間違いがあったのだと思います。

ありがとうございます。
http://www.ubuntulinux.jp/products/GetUbuntu
には反映されていませんね。

うーん、Remixとして我々が配布しているものの問題のファイルの5行目は、
deb http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja natty-non-free/

なので、
・オリジナルのISOイメージは特に問題がない（はず）
・どうもどこかが変わってしまっている可能性が強い
としか言えない状態です。

$ stat /etc/apt/sources.list.d/ubuntu-ja.list
の結果を見てもらえますか？

Access: 2011-04-28 00:18:33.000000000 +0900
Modify: 2011-04-28 00:18:33.000000000 +0900
Change: 2011-04-28 00:18:33.000000000 +0900

となっているのが期待の状態です。もしModify あたりが変わっているようだと、何かの弾みで変わってしまった（か、変えてしまった）か、ということになります。

Live CDから起動し、
stat /etc/apt/sources.list.d/ubuntu-ja.list
を実行した結果をお知らせ致します。

$ stat /etc/apt/sources.list.d/ubuntu-ja.list
  File: `/etc/apt/sources.list.d/ubuntu-ja.list'
  Size: 378           Blocks: 1          IO Block: 1024   通常ファイル
Device: 11h/17d    Inode: 6197        Links: 1
Access: (0644/-rw-r--r--)  Uid: (    0/    root)   Gid: (    0/    root)
Access: 2011-04-27 15:18:33.000000000 +0000
Modify: 2011-04-27 15:18:33.000000000 +0000
Change: 2011-04-27 15:18:33.000000000 +0000

このようになりました。
hitoさんからのご返答にあった、

Access: 2011-04-28 00:18:33.000000000 +0900
Modify: 2011-04-28 00:18:33.000000000 +0900
Change: 2011-04-28 00:18:33.000000000 +0900

とは日付などが異なっていました。

このLive CDを使ってもう一度HDDへのインストールを試みてみますので、追ってその結果をお知らせ致します。

HDDへのインストールを再試行した結果をお知らせいたします。
やはり前回と同様、インストール中にapt-cloneパッケージのインストールに失敗しました。
そして再起動後も前回と同様、
「 /etc/apt/sources.list.d/ubuntu-ja.list の 5 行目が不正です」
と言うメッセージとともにアップデートマネージャが起動不能になりました。

apt-cloneは、インストールの最終ステップあたりで
「以前インストールされていたパッケージを復元しています」
と言うメッセージとともにインストールが始まるのですが、
「以前インストールされていたパッケージの復元に失敗しました」
と言うメッセージが表示され完走しません。

その際、launchpadへバグ報告するように促すメッセージが表示されたので、リポートを送信してみました。
英語が不得手なもので自動収集された情報しか送れなかったのですが…
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/apt-clone/+bug/775037

インストールの状況は、

1.有線LANによるインターネット接続がある

2.最初のステップで「インストール中にアップデートを～」と「サードパーティー・ソフトウェアを～」の2つにチェックを入れてある

3.次のステップで「それ以外」のオプションを選択し、自分でマウントポイントを設定してインストールした
(既にインストールされているWin Vistaを/Windowsにマウント、あらかじめ作成してあったExt4パーティションを/に設定)

と言う感じです。

/etc/apt/sources.list.d/ubuntu-ja.list
の内容は

## Ubuntu Japanese LoCo Team's 3rd party repository for Ubuntu 11.04
## Please report any bug on https://bugs.launchpad.net/ubuntu-jp-improvement
deb http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu natty main
deb-src http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu natty main
deb http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja natty
deb-src http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja natty

となっており、やはり以前と同様「-non-free/」が抜け落ちてしまっています。

stat /etc/apt/sources.list.d/ubuntu-ja.list
を実行した結果は

$ stat /etc/apt/sources.list.d/ubuntu-ja.list
  File: `/etc/apt/sources.list.d/ubuntu-ja.list'
  Size: 358           Blocks: 8          IO Block: 4096   通常ファイル
Device: 803h/2051d    Inode: 1966764     Links: 1
Access: (0644/-rw-r--r--)  Uid: (    0/    root)   Gid: (    0/    root)
Access: 2011-05-02 02:44:26.170353142 +0900
Modify: 2011-05-02 02:44:26.158353089 +0900
Change: 2011-05-02 02:44:26.158353089 +0900

となり、やはりhitoさんのご返答にあった「期待の状態」とは違ってしまっているようです。

>>hitoさん

バグ報告の件はたぶんPublicにできたと思います…
申し訳ないです…

アップグレードではないか？について、
「あらかじめ作成された」というのは

「Live CDでOSを起動、10.10が入っていたEtx4パーティションをGpartedを使ってフォーマット、そこに11.04をインストール」
という手順です。

「OSのインストーラに含まれるツールを使ってパーティション作成を行ったわけではない」
という意味です。分かりにくくて申し訳ないです…
(利用したExt4パーティションはフォーマットされて空の状態だったので、アップグレードインストールでは無いと思うのですが…)

ありがとうございます。頂いた挙動でおおまかな原因が確認できました。

修正方法を検討しています。