USBメモリを挿して内臓HDDの11.04を起動して下さい。
USBメモリは挿したままにしておきます。


$ sudo fdisk -l
を実行してUSBメモリのデバイスファイル名とUbuntuをインストールしたパーティションナンバーを確認します。
以降、USBメモリは/dev/sdb でUbuntuは1番目のパーティション/dev/sdb1 にインストールしたと仮定して進めます。
/boot ディレクトリは分けていないと仮定しています。

「USBメモリにGRUBをインストール」
$ sudo umount /dev/sdb1
$ sudo mount /dev/sdb1 /mnt
$ sudo grub-install --boot-directory=/mnt/ /dev/sdb

[HDDにGRUB2をインストール]
$ sudo grub-install /dev/sda

USBメモリ（USB-HDDかな？）にUbuntuをインストールされたのですよね。
USBメモリのシステムが立ち上がると書かれていますが、通常OSが複数検知された場合は、起動時にOSの選択画面が出ます。

それが出ないと言うことでしょうか？
もし、そうなら#2は破棄してください。

USBメモリのUbuntuを起動して、端末から
$ sudo fdisk -l

USBメモリのデバイスファイル名　/dev/sd? を確認して下さい。
？の部分はa,b,c とアルファベットが一つ入ります。　その後に数字などは要りません。

$ sudo grub-install /dev/sd?   
$ sudo update-grub

を実行してUSBメモリにGRUBをインストールします。

再起動すると内臓HDDの起動項目が表示されるはずですが今回は怪しいですね、何か問題を含んでいるかも。
内臓HDDから起動できた場合は
$ sudo grub-install /dev/sda

を実行して解決です。

メニューに内臓HDDの選択肢が無い場合は ＃２と逆パターンです。
内臓HDDを/dev/sda  Ubuntuをインストールしているのは1番目のパーティションと仮定しています。
USBメモリのUbuntuの端末から

$ sudo umount /dev/sda1
$ sudo mount /dev/sda1 /mnt
$ sudo grub-install --boot-directory=/mnt/ /dev/sda

--boot-directory はGRUB2 のバージョンによって　--root-directory の場合が有りますのでコマンドが弾かれた場合は変更して下さい。

今回の#4はUSBから起動してUSBにGRUBをインストール。これは凄く分かりやすいと思います。
USBメモリから起動して内臓HDDにGRUBをインストールは読み違えると難解かも。

もし上記の方法が実行し難いのでしたら、11.04のライブCDから内臓HDDのUbuntuを起動させる方法を書いておきます。

・ライブCDの画面が立ち上がり下部にキーボードと人の絵が表示されたら、素早く何かキーを押します。
・言語の選択が表示されるので日本語を選択。
・一番上のメニューのHDDに変更を加えないでUbuntuを試すにカーソルを合わせます。
・[F6]キーを押します。
・小さな設定ウィンドウが表示されますので[esc]キーでキャンセルします。
・画面下部に起動オプション（カーネルオプション）が表示されているのを確認して下さい。
・boot=casper の文字を探しだし　　root=/dev/sda1   に書き換えて下さい。
・（boot を root にするのを忘れないで）　Enterキーを押します。

内臓HDDから起動しますので
$ sudo grub-install /dev/sda