検索項目を変えて検索したら出てきた内容で試してみたら削除できました。
nautilus を起動してサイトペインの項目を削除すれば良かったのですね。
どうして登録されたのかは謎ですが（自動登録でしょうか？）、解決しました。

お騒がせしました。

hellfire さん、

いろいろなファイルのコピーをしていた最中でしたので「間違ってサイドバーへドラッグしたのかな？」と思っているところです。
修正方法もわかったので「良し」と考えています。

>登録したいディレクトリにて，Ctrl + D を押すと登録できます．
情報ありがとうございます。一つ勉強になりました。