アドバイスありがとうございます。
.xsession-errorsというファイルはあるんですが、それほど増えているわけでもなくどうも僕の場合それとは違うような気がします。
関係あるか分からないのですが調べているうちに他にも気になるところが出てきたので別に質問させていただきます。ありがとうございました。

基本的に5秒間隔でバッファの内容をディスクに書き込みます。jbd2 はext4のジャーナルを書き出すためのプログラムだったはずです。syslogなどのログも常に出力していますので、OSの入った領域があるディスクへのアクセスが止まることは基本的にありません。