rEFIt をインストールしているということは、マックですよね？
インストールパーティション、、、より、ubuntuインストール時にgrub2ブートローダをインストールする場所が問題です。/dev/sdb （usb のmbr）にインストールすれば、rEFIt でubuntuをブートできるようになります。間違って、/dev/sda （内蔵ディスクのmbr）にインストールすると、usbを刺してないと起動しなくなってしまいます。でも、残念ながら、/dev/sdb にはgrub2をインストールしようとするとエラーと言われてすんなりできません。でも、ubuntuのドキュメントをあさると、インストールCDで立ち上げて、usbの mbr にgrub2をインストールする方法が分かりますので頑張ってください。