hoso1093 による投稿:

0% [jp.archive.ubuntu.com (160.26.2.181) へ接続しています]
エラー http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ natty/main libgfortran3 i386 4.5.2-8ubuntu4
  jp.archive.ubuntu.com:80 (160.26.2.181) へ接続できませんでした。接続がタイムアウトしました

今、私の環境から直接、
http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/g/gcc-4.5/
を見た感じでは、少なくとも現在はファイルが存在するようですし、アクセスもできます。

ping jp.archive.ubuntu.com -c 4
ping 160.26.2.181 -c 4

Proxyが間にいる場合、Proxyサーバのところでなにかおかしくなっていたりする可能性もあります。
あとはtracerouteで経路が確保できているか確認してみたりとかですかね。。
今日は、IPv6 Dayだったらしいので、意外と、今試すと繋がるかも知れません。

Ubuntu-Desktop 11.04ですよね。
ネットワークプロキシの設定が、シャットダウンアイコンの一番下のシステムの設定で開いたコントロールパネルの
インターネットとネットワークのところに「ネットワークプロキシ」がありますので、マニュアル設定してみてください。プロキシがユーザーとパスワードが必要なら、「詳細」ボタンを押して設定してください。これで使えれば、ブラウザなども、このプロキシ経由でアクセスできます。

これでもダメならば、/etc/apt/apt.conf.d/の中にプロキシ設定を記述することになりますが、
「80proxy」ファイルを作って、中味が1行なら

Acquire::http::proxy "http://ユーザー名：パスワード@ホスト名：ポート番号/";

で、もし、ユーザー名とパスワードがいらなければ、「ユーザー名：パスワード@」は省略できます。
（参照：日経Linux2009年6月号）

hoso1093 による投稿:

GUIなどで表向きの設定をしてOSとしては裏で80exportのエディットをしているということなのでしょうか。そういうところがunix的な感じがしますが。環境変数のエディットも相当プリミティブな設定なのではないかと思いましたが。

不思議ですね。funatogawaさんがおっしゃられていた、
/etc/apt/apt.conf.d/
での設定はパッケージ管理システムのaptの設定になります。
パッケージマネージャなどは根っこの部分ではaptを使っています。
この設定はaptの設定であり、例えばブラウザなどには影響しません。

それとは別にシステム全体に影響するプロクシ設定もあり、それが「ネットワークプロクシ」の設定です。
ここで「システム全体に適用する」として設定された内容は、
/etc/enviroment
に保存され様々なプログラムに利用されます。
この状態ならパッケージマネージャやブラウザなども(システムのプロクシ設定を使う設定になっていれば)それに従うはずなのですが。。

ともあれ解決はされたようなので、もし興味があればお時間のあるときにでもいろいろ試してみて下さい。