どのような方法でアイコンを作成されているかわからないのですが、ただのランチャだったらホーム・フォルダの「デスクトップ」もしくは「Desktop」というディレクトリに"なんとか.desktop"というファイルが作成されていないでしょうか。ただのテキストファイルですので、それを修正・複写すれば良いと思います。

たしかに、nautilus-connect-severの機能のようですね。アイコンや名前については、
~/.nautilus/metafiles/x-nautilus-desktop\:%2F%2F%2F.xml
に保存されているみたいですが、接続情報は保存されていませんね。

gconf-editorの/desktop/gnome/connected_serversあたり(ファイルだと~/.gconf/以下)が該当するのでしょうか。アンマウントすると情報がばっさり削除されるので、「他のデスクトップにコピーをしたり、複写してテキストエディタで設定を変えたり、バックアップを取っておいたり」には向いてなさそうです。

そういう目的のものを作るなら、デスクトップ上で右クリック＞ランチャの生成で、「種類」を「場所」、「名前」は適当、「場所」に「ssh://username@server」みたいな感じでNautilusを起動するランチャを作成するのはどうでしょうか。これなら、デスクトップ上の「なんとか.desktop」を、操作するだけですみます。