> 毎回スタートアップ時に数分程度

起動時ですよね。
電源を入れて（OSのメニューを選択して）からログイン画面が出るまでの間ですか？
ログイン後の症状でしょうか？

ログビューアからdmesgを投稿してみてください、何か残っているかも。
何となく機種特有の問題で何かの試行錯誤のリトライを繰り替えしていると思うのですが、起動オプションを指定するとか何かのドライバや設定を明示的に指定する事が解決に向かう気がします。
ログと共に使用しているPCの情報も有った方が良いですね。

　hir0氏、si氏、ご返信ありがとうございます。トラブルの対応を案じてくださったようですが、私はそのような認識ではありませんでした。分かりにくい書き方をしてしまい申し訳ありません。
　スタートアップというのはログイン直後のことで、ＰＣ起動時には必ず発生しますが一旦ログアウトとログインをおこなった場合は大抵発生しません。発生というのは件のプロセス自体を指すのではなくて、HDDへの高負荷読込のことです。
　特に解決すべきトラブルだと認識していないことは、第一に私自身が不都合を強く感じていないからですが、他にたとえばＯＳ９時代のMacintoshでSherlockという検索用ソフトウェアが似たような負荷をかけていたり、Ubuntu8.xxの頃にやはり自動起動する検索用プログラムが負荷をかけるというようなＴｉｐｓを見たことや、それから、時々fsckのようなプログラムが自動起動するように設定されていることや、あるいはファイルマネージャが利用するサムネイルファイルやメタデータの初期化・整理が必要な場合がありうることなどから、件のプロセスはそれに準ずるような何かを行っているのだろうと考え、自環境での因子が重なって極端な事象が表れているものの動作自体は正常なのではないかと推察しているからです。

　それで、gnome-settings-daemonはなんのために、何をどのように行っているプロセスなのでしょうか？　それとも、私が報告したHDDへの高負荷とは実際になんの関係もないプロセスなのでしょうか。基本的なことでかまいませんのでご存じでしたらぜひ教えてください。専門的なこともできれば（分からないながら）期待しますが、この投稿を読まれる以上の労力をかけて答えて頂けるとは考えていませんので、よろしくお願いします。

　ああ、こういう情報をさがしていました。だけど少し漠然としすぎていますね。取っ掛かりをもとに勉強してみます。
　ありがとうございます。