mdcd による投稿:

電源が切れないので、いつも手動で強制終了しています。
パソコンのハードウェアやシステムなどに悪い影響はないでしょうか?

ハードディスクの内容が不整合を起こす可能性(一応ジャーナリングシステムが効いているはずなので致命的な異常は発生しにくいですが)があるので今の状態はよくないです。

とは言え、対策については心当たりが無く、どうしたものか思いあぐねています。
なにかのプロセスが終了できずに止まったように見えているのではないかと思いますが。。

面倒ですが、シャットダウンが途中で止まったら、当面は、
https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/Others/MagicSysRq
を参照して、システムを停止させて下さい。カーネルが生きておれば、これでシステムが停止させられるはずです。



対策についてですが、まずは、11.04のLiveCDの「試してみる」モードで起動してみて下さい。
この状態からシャットダウンして正常にシャットダウンがかかるか確認してみましょう。

LiveCDでシャットダウンできる場合、HDDのUbuntuを起動して、ログイン画面でクラッシックモードのGnomeや、フェイルセーフモードのGnomeでログインしてみて、シャットダウンがかけられるか試してみて下さい。

LiveCDですらシステムを停止させられないようであればカーネルオプションを調整してみましょう。

SysReqで応答しないとなると、カーネルパニックが起きているのかも?
カーネルに起動オプション(カーネルオプション)を与えて、問題が回避できるか試してみましょう。
これはカット＆トライになりますので、当たりがでるまで、何度も挑戦する必要があります。
HDDから起動したシステムでは、HDDの内容に異常を起こすおそれがるので、多少起動は遅くなりますが、LiveCDで試してみて下さい。

LiveCDからの起動時のカーネルオプションの指定方法は、
https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/Others/BootOptions
を参照下さい。

試すオプションは、
acpi=off
noapic
acpi=off noapic
あたりが良いかと思います。

もし、acpi=offで正常にシャットダウンできるようになり、さらに余力があれば、
http://www.brighthub.com/computing/linux/articles/39504.aspx
で紹介されているようにさらに細かく問題を起こしている機能を切り分けてみて下さい。

カーネルオプションの変更をした際の挙動はどのようなものだったでしょうか。
システムが正常に終了(system halted)したのち、手動で電源を切らないといけない状態でしょうか(*1)。
あるいは、やはり背景などが残って固まってしまうような状態でしょうか(*2)。

*1の場合は、apmを有効化して自動で電源が切れるようにしましょう。
*2の場合は、まだうまく動いていないようなので、もう少し調査が必要です。
Knoppixでは電源が落ちたとのことですが、Knoppixのバージョンはいくつでしょうか。また、そのKnoppixのカーネルのバージョンと近いバージョンのカーネルを持つUbuntuでの挙動にも興味があります。11.04以外のバージョンのUbuntuで問題無く動作するようであれば、当面はそちらを使用するというのは選択肢に入りますでしょうか。

もうひとつ、
LiveCDで「試す」モードで起動して、
Ctrl+Alt+F1を押して、

sudo halt

と入力するとどうなりますでしょうか。
画面に表示されたものをできるだけ詳しく正確に投稿願います。
もし、このとき、画面が終了のスプレッドで文字情報が表示されないようであれば、ESCキーなどを押して、文字情報が確認できるか試してみて下さい。

うーん。エラーメッセージから何か手がかりが得られないかと思ったのですが、特別、エラーメッセージは表示されず、単純に終了手順が中断してしまうようですね。。
ただ、毎回止まる場所が変わるということは、なにかしらかのタイミングの問題だと思われますので、
noapic
nolapic
noapic nolapic
あたりをカーネルに起動オプションとして与えてみるのもよいかと思います。

上記でダメな場合は、残念ながら自分の知識ではちょっと対処が思いつかないです。
Ubuntu 9.10では正常に動作したとのことですので、Ubuntu 10.04 (LTS)を試してみて、正常に動作するようであれば、それを使うというのは選択肢に入りますでしょうか。。

お力になれず、申し訳無いです。
LTSは３年のサポートが予定されており、10.04の場合は、2013年の４月までのサポートとなります。
2011年１０月末に、11.10、
2012年4月末に、12.04、
などがリリースされると予測されますので、新しいバージョンがでたらLiveCDなどで動作確認し、適当なタイミングで再インストール(12.04LTSへは直接アップグレードできるかも知れません)をご検討下さい。