IBusの設定で、
「グローバルインプットメソッドの設定」
という項目がありますでしょうか。
あれば、これの
「すべてのアプリケーション間で同じインプットメソッドを共有する」
にチェックを入れてみて下さい。
# 個人的には各ウィンドウ毎で別管理になっている方が使い易いのですが。。

いえいえ、sunakuzira999さんと同じように、共通のインプットメソッドを使用する設定が好みだけど、どうすれば良いのか判らない、という方も他にもいらっしゃるかも知れませんので、判らないことがあればどんどんトピックを立てていただけば良いと思います。
みんなで情報交換して、「検索すれば知りたいことが調べられる」状態にできれば幸せになれる人も増えるでしょう。
# その意味で言うなら、タイトルは少々長い目で構いませんので、知りたいことや実現したい動作が想像しやすい名前を考えていただけると嬉しいです。