Ubuntu 11.04のgnome-sessionは今までのような "セッションを保存する、また、使用する" といったことができなくなっています。
参照： https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=11245


アプリの立ち上げが全画面表示にされてしまうという話のほうは、こんなのがありました。
参考： https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=11276

改善方法はちょっとわかりませんが、「視覚効果はどうでもいい」ということであれば、最終手段としてUnity 2Dに逃げるという手もあります。