まずは、Ubuntuのバージョンと、
11.04の場合は、Unity環境か、クラシック環境かの別、
グラフィックカード(オンボードだったりノートPCだったりする場合はM/B型式、もしくは、PCの型式)
を投稿下さい。

全く経験の無い症状なので、手探りでの解析となりますが、
~/.xsession-erros (隠しファイルなので隠しファイルを表示して探して下さい)
/var/log/Xorg.0.log
などに何かヒント(エラー、ワーニングメッセージなど)が書き出されていないでしょうか。

また、新規ユーザを作成するかゲストセッションでログインして再現するか確認してみて下さい。

また、/etc/X11/xorg.confが存在する場合、その内容も投稿願います。