何故デスクトップに？と思いますが、内容を見るとwubiでインストールする再の一時ファイルの残骸じゃないでしょうか。
インストールに使用したディスク（ISOファイル）を展開すると同様のディレクトリとファイルが見つかると思います（未確認）。
wubiはWindowsのファイルシステム上に仮想HDDファイルを作成してそこにインストールされます。
ubuntuフォルダ内のroot.diskがそうですのでubuntuフォルダに変更を加えなければ両OSとも問題は無いはず。

でも、何故デスクトップに作成されたんでしょうね？

インストールが完了してUbuntuが起動するのでしたら削除しても問題ないと思います。
wubiをインストールした際、以下のディレクトリとファイルがCドライブに作成されます。
この時点ではインストールの準備で、再起動後に赤字の部分は自動的に削除されて新たに青字のファイルが作成されます。
インストール後に必用なファイルは[wubildr][wubildrmbr]、ディレクトリ[ubuntu]配下のファイルです。

再起動後に本格的なインストールが始まります。
C:\ubuntu\root.disk   にインストールディスク内のファイルを使用してインストールをします。

#1 のデスクトップに現れた（フォルダ）ファイル群はインストールディスク（ライブCD/USB）のファイルで、インストールには必須ですがインストール後は必要としません。
何故それがWindows上の、しかもデスクトップに現れたのかは分かりません。
操作上の不備が有ったのか、何らかのエラーの為に自動でユーザーのデスクトップにファイルのバックアップが作成されたのか？？？

念のためにWindows上から名前を変更した後に再起動してUbuntuを起動させてみてください。
起動に必用かどうかの確認が取れます。

winbootがそのまま残っているのは特殊なブートローダ（NTFS上で動くGRUB)を採用しているのでトラブル時のバックアップ目的で削除されずに残っているのかも知れませんね。（ファイルの比較を行って確認はしていません）


C
|------wubildr
|------wubildr.mbr
|------ubuntu
         |------disks
         |        |------boot
         |        |        |------grub
         |      root.disk
         |        |
         |      swap.disk
         |
         |------install
         |        |------.fuse_hidden
         |        |------boot
         |        |        |------grugb
         |        |        |        |------gru.cfg
         |        |        |     
         |        |        |
         |        |        |------initrd.lz
         |        |        |------vmlinuz
         |        |        |------md5sum.txt
         |        |
         |        |------custom-installation
         |        |        |------hooks
         |        |        |        |------casper-premount.sh
         |        |        |        |------early-command.sh
         |        |        |        |------failure-command.sh
         |        |        |        |------success-command.sh
         |        |        |
         |        |        |------packages
         |        |        |------preseed.cfg 
         |        |       
         |        |------installation.iso
         |
         |------winboot
         |        |------wubildr.mbr
         |        |------wubildr
         |        |------wubildr.cfg
         |
         |------Ubuntu.ico
         |------uninstall-wubi.exe