文字通り、付箋紙というソフトがありますが、それではダメですか？
パネルを右クリックしてパネルへ追加から、一番下から２番目の付箋紙を選択すれば追加されます。

あと、いわゆる付箋紙とはちょっと違いますが、Tomboy メモと言うのがアプリケーション->アクセサリにあります。

要件が示されていないとコメントし辛いかと思いますので、どういう機能を求めているのか明示いただいた方がよいかと思います。
特にtomboyなどで使いにくいところや、どうなっていれば使いやすいと感じるのかなどを説明された方がアドバイスが付きやすいかと思います。

自分はテキストにメモを書くのが好きなので付箋系のソフトは使っておりませんが、aptitudeでnoteで検索したところ、
gnote
knotes(KDE向け)
note(CUI用)
rhinote
xfce4-notes(Xfce向け)
などがあるようです。