WineはLinuxでWindows用のソフトを動かすためのエミュレーターのようなものですから
そこで動作するソフトの影響範囲は基本的にWine配下だけと考えてよいでしょう。

簡単に言えば、UbuntuなどLinuxとは無関係と言ってよいです。
ですから、Ubuntuで例示されたような「デフォルトでIMEを全角日本語入力にする」などの
ためには、別途Ubuntuで動作するものを用意する必要があります。

つまり、VectorにあるWindows用のソフトはUbuntuでは原則無用ということです。
同様の機能を持つUbuntu用ソフトを使いましょう。
まぁ、例示されたようなものは、普通は設定変更で済むような気もしますが。