パーティションは基本的に４っつしか作れないので、その対応策として拡張パーティションの方式を考え出して採用しています。
どのパーティションも同じように扱えるべきですがOSを含む各プログラムによっては動作に問題を引き起こします。
問題点は悪く言うとバグ、良く言うと仕様となり殆ど後者の「仕様」という事で纏められています。

Ubuntuでは特に問題を聞いたことはありません。
採用されているブートローダGRUBには大容量デバイスの場合MBR(PBR)から/boot の位置が遠いと起動できない問題が有ります。
対策としては/bootをHDDの先頭（MBRから近い位置）に置くことです。

現在の基本領域、拡張領域の方式では認識できる容量に限界が有り大容量（数百ギガ～テラバイト）のHDDは上手く認識できません。
その問題は違う方式で解決されていますので（基本、拡張という概念は無い）通常はユーザーサイドで意識する必要は有りません。

で、結論はと言うと「自由」で良いと思いますよ。
「基本」「拡張」という言葉があり、「/」が有り、そこから各ディレクトリ(/home 等)が存在する事を踏まえて違和感を覚えるような自由（テンでばらばら）なレイアウトはどうかなと思いますけど。

なにかと情報の多い項目でもありますので、こんなサイトを参考にされては如何ででしょうか。

@IT -第2回　各ディレクトリの役割を知ろう（ルートディレクトリ編）

このサイトには結構有用な情報がありますので、一度眺めておいた方が良いかもしれません。

なお、どのディレクトリをどの位いに分割したら良いかということなら、使用するアプリケーションなどに依存しますので、まずは全体を一つのパーテーションにして運用し、ご自身のパソコンの使用方法が固まってきたころに、改めてかんがえたほうが現実的だと思いますです。

> 今のところ/bootを入れていないのですが、これも分けるべきですか？


インストール時、パーティションに「/」を指定すると必要なディレクトリが全て作成されます。
もちろん/home も/boot も全て作成されます。

インストール時に別途指定することで、指定したディレクトリを別のパーティションへ分けてインストールできます。
swapは機能の補助的な要素が強く任意且つ選択肢の有る機能なので必須では無いです。



分けたディレクトリが起動時には一つのパーティション内に存在するかの様な動作を理解するにはマウント(mount)を覚えなければいけません。
WindowsでもMacでも自動で行われます。USBメモリなどを挿すとアイコンが表示されてクリックすると中が覗ける動作です。
Ubuntu(Linux)ではコマンドラインから実行できます、、、等々こちら方面から入って行くと嫌になるかも。
（コマンドでの操作も覚えると世界が広がって楽しいのですが）

zaganさんも書かれていますが通常のインストールで使用して実際に問題（要望）が出たときに質問されると、その回答がディレクトリを分ける事だったりした場合でも（違う問題でも）、今より理解度が遥かに深く早いと思います。

まずは、おもむくままに知的好奇心を満たすなり、実務（趣味）の用途なりUbuntuの使用を楽しんでください。