先日 Ubuntu 11.10 にアップデートしました。

Ubuntu 11.04 の頃は表題のとおりWPAパスワードがiPhoneに表示されないだけで、接続自体はできたのですが、
Ubuntu 11.11 にしてからは接続もできなくなってしまいました。（Wi-Fiの一覧にも出ません）

Ubuntu 側（Wi-Fiの親機）は、『接続を確立しました』と表示されて、正常なようです。
さらに、 11.04 のときは色々試しても内蔵無線LANが使えませんでしたが、 11.10 では内蔵無線LANが使えるようになりました。
（この資料を参考にしました→https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/Hardware/HowToSetupBcm43xx#head-b56e1af50c67e7ac4df5d469ca71e854d7d102ef）
（上記資料では11.10の対応がありませんが、Step 1.をやっただけで内蔵無線LANが使えました。Step 2.の「ハードウェアドライバ」が 11.10 では見当たりません）

しかし内蔵無線LANを使っても、GW-USNano2-Mを使っても、問題は変わりませんでした。
一応今後は、内蔵無線LANのほうがUSBポートが空いて便利なので、GW-USNano2-Mは使わないことにします。

内蔵無線LANは wlan0 なので、 wlan0 の ifconfig と iwconfig の結果を貼ります。

ifconfig

wlan0     Link encap:イーサネット  ハードウェアアドレス 00:0b:7d:1f:2a:80  
          inetアドレス:10.42.43.1  ブロードキャスト:10.42.43.255  マスク:255.255

iwconfig

wlan0     IEEE 802.11bg  ESSID:"ubuntulinux"  
          Mode:Ad-Hoc  Frequency:2.412 GHz  Cell: 52:32:45:89:DD:8C   
          Tx-Power=20 dBm   
          Retry  long limit:7   RTS thr:off   Fragment thr:off
          Power Management:off

問題がどこなのか分からないのですが、いかがでしょうか？

スタートガイドにはたしかにWEPもWPAも対応とありますよね。
手元にある紙のスタートガイドにもそう書いてあります。スクリーンショットを撮りました。

wlan0 ・・・つまりパソコンの内蔵無線LANで接続したとき


wlan1 ・・・つまりGW-USNano2-Mで接続したとき


以上のように、Ubuntuで見る限りは正常に接続が確立している状態で、なおかつWPAも通ってます。
Ubuntu 11.04 のときは、無線子機（iPhone）にWPAが認識されていないだけで接続自体は可能だったんですが、Ubuntu 11.10 にしてからは無線子機（iPhone）は、親機であるPCを全く認識しません。

何度か無線の設定を削除して、再設定もやってみましたが、状況は変わりませんでした…。

Ubuntu 11.04 のときはiPhone側で自動的にスキャンされたんですが、Ubuntu 11.10 にしてからはiPhoneでのスキャンに引っかからなくなりました。
仕方がないのでESSIDを指定して接続をしようとしましたが、「ネットワーク“ubuntulinux”は見つかりません」となってしまいます。
どうやら通信用の電波が発信されてないように思われます。

もういちど ifconfig をやったら違う結果になったので再掲します。（というより、#３で貼った結果が、ここに質問をする前にやったifconfigと違ったので、もう一度試しました）

wlan0     Link encap:イーサネット  ハードウェアアドレス 00:0b:7d:1f:2a:80  
          inetアドレス:10.42.43.1  ブロードキャスト:10.42.43.255  マスク:255.255.255.0
          inet6アドレス: fe80::20b:7dff:fe1f:2a80/64 範囲:リンク
          UP BROADCAST RUNNING MULTICAST  MTU:1500  メトリック:1
          RXパケット:0 エラー:0 損失:0 オーバラン:0 フレーム:0
          TXパケット:572 エラー:0 損失:0 オーバラン:0 キャリア:0
          衝突(Collisions):0 TXキュー長:1000 
          RXバイト:0 (0.0 B)  TXバイト:125842 (125.8 KB)

ここ ↓ に書いてあることを参考にすると、この結果は「正常」なときの結果ですよね・・・。
http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20060227/230802/