https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/libreoffice/+bug/844119
にバグ報告があるので、「Does this bug affect you?」を「Yes, it affects me」にし、改善されることを期待しましょう。。

再現できませんでした。
*.odtファイルを2つ保存して、それをダブルクリックで開けます。ここでファイルブラウザも開いています。
WindowはWriterが2つ。Desktopがひとつ、そして、firefoxでもひらきますか＞計5つになりますが、
Ctr+Tabで4つの選択アイコンが出ます。下に名前が入っているものがCtrキーを話すと選択されるWindowですが、Ctrを押したまま矢印キーでWriterに合わせると、2,３秒後に２つのWriterの画面が出ます。これは矢印キーで選択可能です。選択したものはきちんとWindowボタンはついています。


Corei7-860　８GBメモリー　AMDのHD-5850グラボ（ドライバはRadeon、Fglrxは使っていません）　Ubuntu11.10クリーンインストール、Unity使用です。ドライバーあたりが問題でしょうか。

症状の起きているPCは
Corei5-661 4GBメモリー チップセットがインテル H57 Express、ビデオコントローラーがインテル Graphics Media Accelerator HD
Ubuntu10.04からの順次アップグレードして11.10になっています。

daywalkerです。
当方の環境　Dell studio 1557 core i7でも同様の症状が生じています。ver 3.4.4でも治っていませんね。

>この状態でLibreOfficeを最大化すると、通常は表示されるウィンドウ左上の[☓ー□]ボタンが表示されません。

確かに、これもグローバルメニュー自体が別のアプリのものが表示されているのでメニューから終了できなさそうで焦りますが、
そのグローバルメニュー上の何も文字のない真ん中あたりをダブルクリックするとLibreOfficeのウインドウが縮小されて、
メニューが出現するのでそこでなんとか終了させられますね。