ご指摘ありがとうございます。
なるほど。こういうときはgconftoolを使えばいいのですね。ありがとうございます。

ところで、パーミッションの件ですが、クリーンインストールとはいえ、/homeは元々別パーティションに独立させてあります。
今回は11.04で使っていた/homeから、自分の設定ファイルを除いて/homeとしてマウントするようにしていました（インストール時に選択）。
そのため、今回のようなことが起こったのかも知れません。

STGSAGWAN による投稿:

gconfのファイルを直接手で編集するのは、gconfdが死んでいる時などのトラブル時を除いて、たいていは行儀の悪い方法なので、なるべく止した方がいいですよ。
可能な限り、gconftoolコマンドを使った方がよいです。

今回の場合なら、

コード:

gconftool -s '/desktop/ibus/general/hotkey/trigger' -t list --list-type string '[Zenkaku_Hankaku,Alt+Kanji,Alt+grave,Hangul,Alt+Release+Alt_R]'

ただし、私の実験環境(クリーンインストール)ではそもそも#1の現象が再現されませんでした。普通に正しく変更が反映されました。
なので、ディレクトリ・ファイルのパーミッションなどがおかしな状態になっていて、書き込みに失敗しているなどの根っこの原因がまだ残っているような気がしないでもないです。

あと気になるのが、

ren による投稿:

2) [一般]タブ　[キーボードショートカット] - [切り替え]　で Control-spaceを削除
3) [閉じる]ボタンを押して設定終了

以上のようにしたところ、設定が反映されないというものです。

という記述ですが、いったい何をもって設定が反映されないと認識されたのでしょうか？
そのあたりが微妙に曖昧になってしまっています。

通常は、[閉じる]ボタンを押せば設定が反映されます。直後に再度ibus-setupを実行すればibus-setupの画面から反映後の値を確認できます。もちろん、再度ログインしなおしても値は反映されたままです。

設定が反映されないと認識したのは、おっしゃるとおりの手順で、設定作業後、[閉じる]ボタンを押して、再度ibus-setupで確認したときです。
念のため、再度ログインも確かめました。

これで悩んでたのは僕だけだったんでしょうか。
/home以下をそのままマウントして使うのって、割と普通なことだと思うんだけどなぁ・・・。よくわかりませんね。