変換ソフトの詳しいことは分かりませんが、取り敢えずmp4のファイルが何処にあるのかを探すだけなら

$ sudo find / -name *.mp4

としてみてはどうでしょうか？

Permission deniedで権限のないフォルダの中を探せていないのではないかと思いますので、一時的に
管理者の権限でコマンドが実行できるsudoを付けます。

管理者用のpasswordを求めて来ますので、多分ログイン時のパスワードで良いと思いますので入力して
みてください。

返信ありがとうございます。

$ sudo find / -name hoge*.mp4
と打つ場合
どこをクォーテーションで囲むのでしょうか？
*は　このまま*と打てばいいんですよね？

試しにflv→aviに変換したら同じフォルダにhoge.flv.aviという名前の０バイトのファイルができました。

よろしくお願いします。

コメントが入らないようなので、横から失礼します。

Ripe による投稿:

$ sudo find / -name "hoge.mp4"

これで実行したところpasswordを求めて来たので自分のパスワードをうちました。
pcが動いた気配はありましたが、user@ubuntu-desktop:~$ と出ただけでした。

コマンドはこれでよいのですが、これでは厳密に hoge.mp4 にしかヒットしません。
ソフトが勝手にファイル名に何か（例えば日付とか）付け加えているかもしれないので、
    sudo find / -name "hoge*.mp4"
で、試してみてください。あるいは
    sudo find / -name "*.mp4"
なら、全てのmp4ファイルが表示されるはずです。

もしそれでも見つからなかったなら、ファイル変換に失敗していることになりますね。

失敗しているなら…
sinthgunt でなければいけないのでしょうか？
flv を mp4 に変換出来ればよいのであれば、Synaptic から Transmageddon
をインストすれば変換できますよ。