Ubuntu 11.10 and Compiz Config@askubuntu.com
ただし、同意者がいませんので、再インストール覚悟の自己責任でお願いします。

uotora による投稿:

不具合発生時、上部パネルの左側に「ファイル」が表示されていれば、「ファイル」→「端末の中にオープンする」をクリック
開いた画面で”gnome-panel"と入力し「Enter」とすると、クラシック表示に近いデスクトップが出現する。
「CompizConfig設定マネジャー」を開「デスクトップ」でUbuntu unity pluginにチェックをいれ、ログアウト・ログインをすれば回復します。

なるほど、何もなくともデスクトップの壁紙があれば、「CTRL+ALT+T」キーで、端末が表示されますので、

$ CCSM

を実行すると、CompizConfig設定マネジャーが表示されますので、Ubuntu unity pluginの前のラジオボタンにチェックを入れてください。これだけで回復するようです。で、この設定ミスなら良いのですが.......

「CompizConfig設定マネジャー」の不出来でしょうか？？

Unityはcompizを利用していますが、他のディストリでもデスクトップ効果の設定にもこのCCSMを使っています。ですので、Unityが突然表示されなくなるからと言って不出来と言われてしまうと製作者の立場がないと思います。
要はこの「Ubuntu Unity Plugin」はその下に「Plugin to draw the Unity Shell」という説明がついていますので、Ubuntu Unity Pluginを無効にした時の結果は予想できるはずです。それを無視しては、やはり使用者の不注意ということになると思います。